Breaking family ties: taxon sampling and molecular phylogeny of chromodorid nudibranchs (Mollusca, Gastropoda) Zoologica Scripta. 2011. 40(2)137–157 REBECCA.

Presentasi berjudul: "Breaking family ties: taxon sampling and molecular phylogeny of chromodorid nudibranchs (Mollusca, Gastropoda) Zoologica Scripta. 2011. 40(2)137–157 REBECCA."— Transcript presentasi:

1 Breaking family ties: taxon sampling and molecular phylogeny of chromodorid nudibranchs (Mollusca, Gastropoda) Zoologica Scripta. 2011. 40(2)137–157 REBECCA F. JOHNSON Dosen Pengampu: Dr. Ir. RR Dyah Perwitasari, M.Sc Dr. Ir. Achmad Farajallah, M. Si INDAH FAJARWATI G352150271

2 Bergh (1891) Molusca, Gastropoda Warna cerah Tubuh lunak Denticulate radular teeth Unarmed penis Dorididae ChromodoridinaeCadlininae

3 KEDUDUKAN, KEANGGOTAAN, HUBUNGAN DARI CHROMODORIDINAE & CADLININAE MASIH DIPERDEBATKAN.

4

5 Rudman (1984) Rudman & Berquist (2007) Menggunakan tree-like diagrams Gosliner & Johnson (1999) Analisis Parsimoni berdasarkan data morfologi Molecular phylogeny Turner & Wilson (2008) PENELITIAN SEBELUMNYA

6 Phylogeny Chromodorididae, Gosliner & Johnson (1999). Cadlina, Tyrinna, Cadlinella membentuk sister clade

7 CadlinaChromodorididae Karena memiliki karakter synapomorphies: mantle glands and denticulate radular teeth. Tetapi denticulate rachidian teeth dan denticulate lateral radular teeth tidak seperti dorid nudibranch lainnya. Cadlina DIPERDEBATKAN

8

9 Cadlina Genera Chromodorid Bewarna putih terutama di daerah temperate dan kutub. Ditemukan dari kedalaman intertidal sampai abisal. Bewarna cerah Ditemukan di deerah tropis dan subtropis pada lingkungan batu karang yang dangkal.

10 Sebagian besar penelitian molekuler gagal untuk mengkonfirmasi hubungan yang kuat diantara Cadlina dan Chromodorid lainnya.

11 TAXON SAMPLING Taxon sampling yang luas adalah hal yang serius dalam mengungkap filogeni yang lebih kuat. Pemahaman mengenai chromodorid nudibranch dihambat oleh pengambilan sampel yang terbatas atau sempit.

12 TAXON SAMPLING MASALAH-MASALAH PADA PENELITIAN SEBELUMNYA: 1 Narrow taxon sampling Studi filogenetic fokus terutama pada satu genus. Author menyatakan generanya adalah monofiletik dengan menggunakan satu anggota dari genus yang berdekatan sebagai outgroup. 2 Limited sampling Hanya menggunakan beberapa sampel, terutama pada penelitian molekuler.

13 Is Cadlina a chromodorid? Pertanyaan yang belum terjawab: Apakah Chromodorididae menurut Rudman (1984) adalah monofiletik? Apakah sister group dari chromodorids? Apakah hubungan antara species chromodorids dengan dorid nudibranch lainnya? Pertanyaan-pertanyaan ini belum terjawab oleh penelitian sebelumnya karena ketidak lengkapan karena taxon sampling dan design penelitian. Ini adalah penelitian pertama yang memasukkan sekuen dari berbagai spesies dari setiap genus pada Chromodorididae.

14 Menguji monofili dari chromodorid monophyly dan memastikan jika Cadlina adalah chromodorid. Menginvestigasi apakah taxon sampling mempengaruhi hubungan diantara chromodorid nudibranchs. Memetakan karakter morfologi yang dihasilkan dari filogeni molekuler. AIMS

15 1. Taxon sampling and datasets 5. Phylogenetic reconstruction 4. Sequence editing and alignment 3. Sequencing 2. Preservation, extraction and amplification Materials & Methods Materials & Methods

16 55 spesimen dari chromodorididae disekuen secara langsung. 1. Taxon sampling and datasets Tidak seperti penelitian sebelumnya (Turner & Wilson 2008), penelitian ini tidak pernah mengkombinasikan data dari 2 spesies yang berbeda dari spesies yang sama untuk dianalisis.

17 Skema I (Gosliner & Johnson (1999). “Limited taxon sampling“ data morfologi. Sampel : Genus chromodorid Actinocyclid Skema III Data : 16S and COI. Sampel : Semua taksa yang digunakan pada skema I dan II Discodoridae, Dorididae, Porostomata Outgroup : Barthella sideralis 1. Taxon sampling and datasets Untuk mengetahui pengaruh taxon sampling dan pemilihan outgroup, dilakukan pengkombinasian sekuen baru dan data yang lama dengan menggunakan 3 skema taxon sampling Skema II (Turner & Wilson 2008) Kombinasi data 16S and COI. Sampel: Semua Chromodorid 2 spesies Cadlina Semua Actinocylidae 6 spesies dorid lainnya. Outgroups : D. concinna and A.verrucosus.

18 Preserved : 70–95% EtOH, SED buffer atau dibekukan. Extraction: Dneasy spin column extraction kit (Qiagen, Valencia, CA, USA). Menggunakan sampel jaringan kaki. Genes : COI and 16S mitochondrial genes. Primer : Universal primers, Folmer et al 1994 (COI) 16Sar and 16Sbr primers, Palumbi et al 1996 (16S). 2. Preservation, extraction and amplification

19 5. Phylogenetic reconstruction Sequencing: di the Centre for Comparative Genomics, the California Academy of Sciences. Sequence editing dan allignment : Sequencher (ver. 4.7. GeneCodes Corporation, Ann Arbor, MI, USA) and Geneious 3.0–3.5 (Biomatters, Auckland, New Zealand). MacClade 4.08. Se-Al (version 2.0a11) Phylogenetic reconstruction: PAUP, MR. MODEL TEST. Analisis: Bayesian phylogenetic analyses, Monte Carlo-Metropolis simulation, likelihood annalisis. 4. Sequence editing and alignment 3. Sequencing

20 RESULTS & DISCUSSION

21 Taxon-sampling Skema I Gosliner & Johnson 1999. 32 specimens, 22 species. Chromodorididae dan Actinocyclidae. Sebagaimana Gosliner & Johnson (1999), Chromodorididae sensu Rudman (1984) didukung sebagai monophyletic [posterior probability (pp) = 1.00].

22 Taxon-sampling Scheme 2 Turner & Wilson 2008. 40 specimens, 30 species. Pohon yang sama ditunjukkan 2x. (A) D. concinna sebagai outgroup (B) Actinocyclus verrucosus sebagai outgroup. Tidak ada perbedaan dari kedua pohon. The Chromodorididae sensu Rudman (1984) tidak monofiletik. Cadlina adalah monophyletic dan didukung dengan kuat oleh sister group dari sebuah clade yang terdiri dari D. kerguelensis, Doris pseudoargus), Actinocyclidae dan species chromodorid lainnya.

23

24 Taxon-sampling Skema III taxon sampling paling luas: 102 specimens, 79 species. Ketika 11 species dari Cadlina dimasukkan dan setidaknya 1 atau lebih spesies dari masing-masing genus chromodorid ditambahkan, the Chromodorididae sensu Rudman (1984) tidaklah monofiletik. Cadlina bukanlah bagian dari sister group Chromodorididae. Cadlina selalu monofiletik dan Clade Cadlina tidak pernah memasukkan spesies chromodorid lainnya. Cadlina adalah selalu menjadi sister grup Aldisa. Species Chromodorid lainnya adalah monophyletic (pp = 1.00). Dorididae, D. kerguelensis, D. pseudoargus, Doriopsis granulosa adalah monophyletic. Anggota Discodoridiae: Taringa telogia, Platydoris argo, Peltodoris nobilis, Jorunna tomentosa, Diaulula sandiegensis, D. concinna, Discodoris confusa and Peltodoris atromaculata adalah monophyletic (pp = 0.99).

25 Genera Cadlina & Aldisa : Famili cadlinidae

26

27 Pitfalls of root choice

28 Kesalahan dalam outgroup rooting bisa menghasilkan kelompok yang terlihat seperti monofiletik Outgroup rooting

29 PEMETAAN MORFOLOGI GIGI DAN ALAT REPRODUKSI

30

31 Taxon sampling memberikan pengaruh terhadap filogeni Cadlina bukanlah anggota Chromodorididae. Cadlina dan Aldisa. Diajukan sebagai famili Cadlinidae Dukungan terhadap klasifikasi menurut Bergh. Kesimpulan

32 TERIMA KASIH