Presentasi sedang didownload. Silahkan tunggu

Presentasi sedang didownload. Silahkan tunggu

Oleh: Asri Peni Wulandari Ph.D Laboratorium Mikrobiologi Lingkungan, Jurusan Biologi –FMIPA Universitas Padjadjaran MATERI 6:

Presentasi serupa


Presentasi berjudul: "Oleh: Asri Peni Wulandari Ph.D Laboratorium Mikrobiologi Lingkungan, Jurusan Biologi –FMIPA Universitas Padjadjaran MATERI 6:"— Transcript presentasi:

1 Oleh: Asri Peni Wulandari Ph.D Laboratorium Mikrobiologi Lingkungan, Jurusan Biologi –FMIPA Universitas Padjadjaran MATERI 6:

2  Partikel mineral (dari pengikisanbatu) dan materi Organik (dari sisa tanaman, binatang, dan m.o).  Mineral dan partikel organik bercampur dalam tanah, membentuk berbagai variasi agregate tanah. 2

3 HORISON O: Lapisan dari materi tanaman Yang tidak terdekomposisi. HORISON A: Permukaan tanah (kaya akan materi Organik, warna gelap, tanah an dibajak Dalam pertanian; tanaman dan m.o Tumbuh di horison ini; aktivitas m.o Sangat tinggi). HORISON B Sub tanah : mineral, humus, dsb, cairan tanah dari permukaan tanah terakumulasi di Horison ini; sedikit materi organik, dan Aktivitas mikrobial lebih rendah. HORISON C: Dasar tanah terisri dari tumpukan tanah, Aktivitas m.o sangat rendah. 3

4 A. Soils consist of peds (heterogeneous aggregates of various sizes that contain complex networks of pores and surfaces) that influence nutrient availability and that affect interactions among different microbes B. Gradients of various environmental factors and nutrients can exist within the pores of the soil (e.g., oxygen gradients) C. Various soil components= binding affinities for nutrients and other substances can create different microenvironments within the soil; (e.g., anaerobic microsites) 4

5 D. Physical factors (e.g., pH) can influence microorganisms that are associated with surfaces E. Soil clays and humus (partially degraded and stabilized organic matter) attract and bind organic and inorganic substances F. Clays can serve as genetic microchips where microbially derived enzymes, RNA and DNA allow binding and elongation of nucleic acids 5

6 M.o tanah akan berada dalam atmosfir tanah dan di dalam fase berair (mis. Cairan tanah) di dalam pori yang berada dianatara partikel atau aggregat. Udara dan air = limiting factor Tanah merupakan kumpulan yang Solid (mineral dan konp. Organik), Likuid, dan gas. M.o umumnya sebagai mikro koloni Dalam partikel tanah. M.O tanah tsb dapat menghindar dari aktivitas predator dengan cara berlindung di Pori tanah yang kecil. 6

7  Mikroba di dalam lapisan discontinuous water diatas Permukaan partikel tanah akan Mendapatkan O 2 yang bagus.  Sebaliknya, didalam pori yang Terisi air akan ada batasan O2, Menghasilkan kondisi mikro Lingkungan anoxic.  Pergerakan bakteri melalui tanah dapat terjadi ketika bidang pori berair adalah kontinus tetapi terputus bila mereka menjadi diskontinus. 7

8 Level Oksigen di Partikel tanah yang berpasir. O2O2 8

9 Tanah merupakan habitat favorit untuk pertumbuhan m.o seperti bacteria, fungi,algae, viruses dan protozoa. Microorganisms akan didapatkan dalam populasi yang besar di dalam tanah – biasanya ~ – jt sel/gram tanah. Bacteria dan fungi bersifat dominan. Kandungan nutrien di tanah sebagai pembatas untuk pertumbuhan mikroba di tanah. 9

10 Hampir di setiap transformasi kimiawi berlangsung di tanah termasuk kontribusi aktif dari m.o tanah. Peranan aktif dalam tanah yang fertil segai hasil dari keterlibatan mikroba tanah dalam siklus nutrien seperti siklus karbon dan nitrogen, yang diperlukan untuk pertumbumbuhan tanah. M.o tanah bertanggungjawab untuk dekomposisi materi organik yang masuk ke tanah dan selanjutnya masuk dalam siklus nutrien di tanah. M.o tertentu seperti mycorrhizal fungi dapat meningkatkan keberadaan nutrien (seperti fosfor) untuk kebutuhan pertumbuhan tanaman. 10

11 1.CO2 fixation by photoautotrophs and chemoautotrophs. 2. Methanogenes is from inorganic (CO2+H2) or organic matter, involves various archaea methanogens (Methanobacterium, others). Global CH4 production ~1011 kg / yr (~85% biogenic) 11

12 Dekomposisi anaerobik dari subatansi organik ke CO 2 dan CH 4 melibatkan beberapa reaksi yang berbeda dan berbagai spesies m.o. (disebut juga Interspesies Transfer Hidrogen; di dalam usus, sistem pencernaan, sedimen, atau tanah). a. Polimer kompleks →monomer-monomer b. Sub unit monomerik → organic acids c. Fermentations→ acetate, CO 2, and H 2 d. Methanogens mengahsilkan methane (CH 4 ) 12

13 Carbon fixer Photoautotrophs - Anaerobic – Chromatium (purple, sulfur bacteria) - Aerobic – cyanobacteria Chemoautotrophs - anaerobic - Methanotrophs: Methylomonas - Sulfur oxidizer: Thiobacillus 13

14 1. Nitrogen fixation 2. NH 3 assimilation 3. Ammonification 4. Nitrosification 5. Nitrification 6. Nitrate assimilation 7. Dissimilatory nitrate reduction 8. Denitrification 14

15 1. Fiksasi Nitrogen : N 2 → NH 3 (aerobic) - free-living: Azotobacter, cyanobacteria; - symbiotic: Rhizobium, Frankia - (anaerobic): Clostridium perfringens, purple & green sulfur phototrophs. 2. NH 3 assimilation (aerobik & anaerobik) 3. Ammonification (organik N→ NH 3 ) 15

16 4.Nitrosifikasi (aerobik), Nitrosomonas 5. Nitrifikasi (aerobik), Nitrobacter 6. Nitrat assimilasi (NO3-→ NH3 → amino acids) 7. Dissimilatory reduksi nitrate (NO3-→ NO2-) 8. Denitrifikasi (NO3- → N2) Bacillus, Pseudomonas 16

17 Siklus S 17

18 1. Oksidasi Sulfur (S→ SO 3 -2 → SO 4 -2 ): (aerobic) banyak jenis chemolithotrophs; (anaerobic) purple & green photoautotrophs 2. Assimilatory sulfate reduction (SO 4 -2 → organik S) 3. Desulfurilasi (organic S decomposition → H2S) 4. H 2 S oxidation (H2S → S°) - Aerobic: Thiobacillus, Beggiotoa (chemolithotrophs). - Anaerobic: Chlorobium, Chromatium 18

19 5. Dissimilatory sulfate and Reduksi sulfite SO 4 -2 or SO 3 -2 → H 2 S: ( Jenis Desulfovibrio) 6. Elemental Reduksi sulfur (S°→ H2S) Desulfuromonas, thermophilic archaea, cyanobacteria di sedimen berkadar garam tinggi 19

20 Jenis m.o tanah lainnya dapat meningkatkan jumlah nutrien yang ada dalam tanah. M.o yang mampu meningkatkan kesuburan tanah dan kontribusi pertumbuhan tanaman disebut : biofertilizer. Beberapa jenis m.o tanah telah diteliti mempunyai kemampuan menghasilkan senyawa (mis: vitamin dan hormon tanaman) yang dapat meningkatkan kualiatas tanaman dan membantu meningkatkan hasil budidaya tanaman. M.o ( disebut 'phytostimulators') saat ini sedang dipelajari untuk kemungkinan penggunaan sebagai mikroba untuk meningkatkan budidaya tanaman. 20

21  Beberapa m.o tanah adalah patogenik terhadap tanaman. Sebagain besar sering ditemukan di dalam tanah dan beberapa dapat menginfeksi tanaman melalui akarnya. 21

22 Some native microorganisms present in the soil are antagonistic to the pathogens and can prevent the infection of crop plants – BIOPESTICIDE/BILOGICAL CONTROL: 1.Competition for nutrients and/or production of inhibitory compounds such as secondary metabolites (antimicrobial metabolites and antibiotics) and extracellular enzymes. 2.Other soil microorganisms produce compounds that stimulate the natural defense mechanisms of the plant and improve its resistance to pathogens. 22

23 23

24 Bacteria: - Jumlah melimpah(10 9 sel/g tanah) tetapi banyak yang tidak dapat dikultur. - Ada kelompok bakteria khusus yang berperan dalam siklus biogeokimia. - Ekstra Polimer yang dihasilkan dapat membantu penikatan partikel tanah menjadi agregat. - Beberapa bakteri dapat bermanfaat atau bersifat pathogen terhadap tanaman. - Bersama dengan Fungi, lebih berperan sebagai dekomposer materi organik. 24

25 Proportion of different soil microorganisms in soil 25

26 Microbial number and biomass in cultivated field soil ( 15 cm ) MicrobesNumbers / gBiomass (g / m 3 ) Bacteria Fungi Actinomycetes Algae Protozoa

27 AgrobacteriumAlcaligenes ArthrobacterBacillus CaulobacterCellulomonas ClostridiumCorynebacterium FlavobacteriumMicrococcus MycobacteriumPseudomonas Staphylcoccus Main types of soil microorganisms 27

28 Bacillus sp Actinomycetes sp. Rhizobium sp. Pseudomonas aeroginosa 28

29 29

30 Actinomycetes: - Prokariot yang berfilamen. - Berperan dalam dekomposisi materi organik kompleks. - Menghasilkan metabolite sekunder, mis., antibiotics, geosmins (earth odor)yang memberikan karakter bau tanah yang berbeda. 30

31 Fungi: - Komponen utama dari of biomassa m.o di tanah. - Pelaku utama dalam dekomposisi materi organik. - Pertumbuhan hyphal membantu ikatan helps partikel tanah menjadi bentuk aggregat yang stabil. - Beberapa bersimbiosa dengan akar tanaman: umumnya bersifat pathogen pada tanaman. - Symbiontant yang menguntungkan dapat meningkatkan nutrient dan mengurangi timbulnya penyakit. 31

32 32

33 Protozoa: - Predators utama bakteri tanah. - Aktivitas makannya dapat mempercepat dekomposisi materi organik di tanah. - Sangat melimpah di permukaan tanah dari saluran drainase. - Ada species berbeda di tanah. 33

34  Cyanobacteria & algae (green algae, diatoms): - Photoautotrophs, bentuk algal permukaan yang penting dalam retensi H 2 O. - Beberapa cyanobacteria sebagai free- living dan symbiotic fiksasi N 2 34

35 35

36 36

37 Menggunakan analisis 5S and 16S rRNA sekuens gen. Dapat digunakan untuk studi mikroba yang tidak dapat dikultur. Alasan utama: - Tidak dapat dikultur – secara nutrisi dan fisiologis. - Kultur alam tidak dapat merefleksikan perilaku alami. 37

38 38

39 39

40  Thermus aquaticus grows in boiling water in Yellowstone National Park Deinococcus radiodurans grows in microwave ovens and on space ships 40

41 41

42  Bugs eat diverse organic material – Humans eat sugar, fat, and protein – Bugs eat sugar, fat, protein, and anything else they can find…  Some key concepts include: – “Parent” material – “Daughter” products – “Fortuitous” metabolism 42

43  Bugs breath diverse materials – Humans breath oxygen – Bugs breath oxygen, nitrate, sulfate,iron, arsenic, uranium, and anything else they can find…  Some key concepts include: – Breathing metals changes their solubility making them either precipitate or dissolve in water 43

44  A single colony of microorganism weighs only µ grams  A single microorganism can reproduce every fifteen minutes  Thus, one microorganism can grow into the mass of the Earth in less than three days! 44


Download ppt "Oleh: Asri Peni Wulandari Ph.D Laboratorium Mikrobiologi Lingkungan, Jurusan Biologi –FMIPA Universitas Padjadjaran MATERI 6:"

Presentasi serupa


Iklan oleh Google