Selamat Datang di dunia Biokimia

Presentasi berjudul: "Selamat Datang di dunia Biokimia"— Transcript presentasi:

1 Selamat Datang di dunia Biokimia
**** Pengantar Biokimia “Mengajar tidak bertujuan mengisi botol kosong, tetapi mengajar adalah untuk menyulut api dari suatu obor" – Michel de Montaigne 29 Jan 2006

2 Bahan Acuan Lehninger’s Principles of Biochemistry 4rd Edition (2004) - by David Nelson & Michael Cox. 29 Jan 2006

3 Tujuan Perkuliahan Memperkenalkan bahasa biokimia: Kosakata (istilah dan struktur), tatabahasa (reaksi-reaksi), struktur kalimat (jalur-jalur metabolisme), dan pengertian (hubungan-hubungan metabolisme) Mengajarkan cara mengambil intisari proses kehidupan Menyarikan kesatuan konsep yang mendasari proses kehidupan Menularkan hasrat mencari tahu atas hal yang akan dipelajari dan hal yang perlu diketahui 29 Jan 2006

4 Cara Belajar Baca bab yang akan dikuliahkan sebelum perkuliahan
Belajar 3-5 jam untuk setiap jam perkuliahan Latihan pemecahan masalah Ingat istilah-istilah, struktur, dan jalur-jalur metabolisme Belajar berkelompok 29 Jan 2006

5 Filosofi Pembelajaran
Menjelaskan, bukan mengindoktrinasi Menunjukkan hal yang perlu diketahui dan yang tidak perlu diketahui Menghargai pertanyaan tentang hal yang belum diketahui Mempelajari semua hal adalah tidak mungkin, tetapi yang lebih penting adalah mengorganisir hal yang kita ketahui agar dapat digunakan 29 Jan 2006

6 Tentang Struktur Struktur biokimia yang rumit tidak akan pernah dapat ditiru, akan tetapi hal yang perlu dipikirkan tentang struktur tersebut adalah: Bagaimana konsentrasinya berubah sebagai tanggapan atas kondisi metabolisme tertentu Bagaimana struktur tersebut berperan terhadap aktifitas biologisnya Dalam jalur metabolisme mana senyawa dengan struktur tersebut ditemukan (dari apa/mana asal senyawa tersebut dan menjadi apa selanjutnya?) 29 Jan 2006

7 Ciri-Ciri Kehidupan Keragaman biologis: mikroba, ganggang, lumut, tanaman, serangga, burung, monyet, kamu Kesatuan kimiawi: sistem kehidupan (di bumi) mengikuti hukum fisika-kimia organik– tidak ada aturan khusus 29 Jan 2006

8 3 Kebutuhan Kehidupan: (1) ENERGI, perlu diketahui bagaimana:
Memperolehnya Mengubahnya Menggunakannya Fig. 1-28 29 Jan 2006

9 (2) MOLEKUL SEDERHANA, perlu diketahui bagaimana:
Mengubahnya Mempolimerasinya Menghancurkannya 29 Jan 2006

10 (3) MEKANISME KiMIA, untuk:
Memperoleh energi Mengendalikan reaksi kimia yang berurutan Mensintesis & mendegradasi makromolekul Mempertahankan kesetimbangan yang dinamis Swa-susun struktur yang kompleks Mengganda secara akurat & efisien Mempertahankan keteraturan proses biokimia dalam lingkungan yang berubah-ubah 29 Jan 2006

11 Strategi 1: Mahluk hidup menggunakan pasangan kimia untuk mengendalikan proses kimia yang normalnya tidak dapat terjadi 29 Jan 2006 Fig. 1-26b

12 Strategi 2: Mahluk hidup menggunakan enzim untuk memacu reaksi yang biasanya lambat
29 Jan 2006

13 Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan termodinamikanya?
Fig. 1-11 29 Jan 2006

14 Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan mekanismenya??
Fig. 1-22 29 Jan 2006

15 Biomolekul - Komposisi
99% dari sel tersusun dari unsur H, O, N, and C Unsur Elektron tanpa pasangan Jumlah relatif H 1 2/3 O 2 1/4 N 3 1/70 C 4 1/10 29 Jan 2006

16 Atom Karbon yang Fleksibel adalah Tulang Punggung Kehidupan
* Atom Karbon yang Fleksibel adalah Tulang Punggung Kehidupan Fig. 1-14 29 Jan 2006

17 Isomer Kimia Rumus kimia sama, bentuk berbeda
Fig. 1-18a 29 Jan 2006

18 Molekul Khiral bentuk putaran berbeda dengan bentuk bayangan
Fig. 1-19a 29 Jan 2006

19 Stereoisomer Rumus dan bentuk kimia sama – fungsi biologis
Fig. 1-23a 29 Jan 2006

20 Perubahan Biokimia Dapat Dikelompokkan dalam 5 kategori
* Perubahan Biokimia Dapat Dikelompokkan dalam 5 kategori Reaksi pemindahan gugus Reaksi oksidasi-reduksi Penataan kembali (isomerisasi) Reaksi pemotongan Reaksi kondensasi 29 Jan 2006

21 Struktur Biomolekul Senyawa penyusun Gula sederhana Asam amino
Anabolik Senyawa penyusun Gula sederhana Asam amino Nukleotida Asam lemak Makromolekul Polisakarida Protein (peptida) RNA atau DNA Lipida Katabolik 29 Jan 2006

22 Biosintesis Membutuhkan Molekul Sederhana untuk Digabung secara Kovalen melalui Berbagai Cara …
3eFig. 3-25 29 Jan 2006

23 Kekuatan ikatan kimia tergantung pada 1
Kekuatan ikatan kimia tergantung pada 1. Kelektronegativan relatif dari dua atom yang berikatan Keelectronegativan tinggi = Afinitas elektron tinggi O 3.5 Cl 3.0 N 3.0 C 2.5 P 2.1 H 2.1 Na 0.9 K 0.8 From 3eTable 3-4 29 Jan 2006

24 2. Jumlah elektron pengikat
* See Fig. 1-13 29 Jan 2006

25 Kekuatan ikatan yang umum
Approx. Avg. Triple: kJ/mole Double: kJ/mole Single: 350 kJ/mole 29 Jan 2006

26 Gugus Fungsional yang Umum
* Fig. 1-15 29 Jan 2006

27 Nukleofil Biologis yang Penting: gugus fungsional kaya elektron
* Nukleofil Biologis yang Penting: gugus fungsional kaya elektron 3eTable 3-4 29 Jan 2006

28 Ringkasan… Atom karbon tetrahedral memiliki sifat ikatan yang fleksibel Senyawa-senyawa beratom banyak dapat memiliki beberapa bentuk isomerik Pengubahan bentuk membutuhkan pemutusan ikatan-ikatan kimia Molekul-molekul besar disusun dari molekul- molekul kecil melalui pembentukan ikatan kimia baru 29 Jan 2006

29 Staf Pengajar Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
Ir. Sedyo Hartono, M.P., Ph.D. Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc. Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng., Ph.D. 29 Jan 2006

30 29 Jan 2006 No. Topik Perkuliahan Tanggal Pengajar 1. Pendahuluan
Konsep dasar biokimia Reaksi-reaksi biokimia Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng., Ph.D. 2. Air dan Buffer Drs. Winarto Hariadi, M.Si. 3. Karbohidrat I Tinjauan umum Monosakarida Disakarida Polisakarida Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc. 4. Karbohidrat II Reaksi monosakarida Ikatan glikosida Fungsi karbohidrat 5. Asam Amino dan Protein I Asam amino Biosintesis asam amino 6. Asam Amino dan Protein II Peptida Struktur protein Fungsi asam amino dan protein Biosintesis protein 7. UJIAN SISIPAN Semua dosen (topik 1 s/d 6) 29 Jan 2006

31 29 Jan 2006 No. Topik Perkuliahan Tanggal Pengajar 7. Lipida I
Tinjauan umum Asam lemak jenuh dan tak jenuh Reaksi asam lemak Drs. Winarto Hariadi, M.Si. 8. Lipida II Fungsi asam lemak dan lipida Biosintesis asam lemak 10. Asam nukleat I Nukleosida dan nukleotida Ir. Sedyo Hartono, M.P., Ph.D. 11. Asam nukleat II Struktur DNA dan RNA 12. Enzim Klasifikasi enzim Koenzim dan kofaktor Mekanisme dan kinetika kerja enzim Penghambatan kerja enzim Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng., Ph.D. 14. Metabolisme I Jalur metabolisme 15. Metabolisme II Bioenergetika Pengendalian metabolisme 16. UJIAN AKHIR Jadual Fakultas Semua dosen (topik 8 s/d 14) 29 Jan 2006

32 Tugas Tuliskan 5 hal yang sebelumnya tidak kamu ketahui atau lupa dan dipelajari hari ini 29 Jan 2006