Presentasi sedang didownload. Silahkan tunggu

Presentasi sedang didownload. Silahkan tunggu

ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinus carpio carpio koi) DAN IKAN MAS MAJALAYA (Cyprinus carpio carpio) MENGGUNAKAN METODA RAPD Dibimbing oleh :

Presentasi serupa


Presentasi berjudul: "ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinus carpio carpio koi) DAN IKAN MAS MAJALAYA (Cyprinus carpio carpio) MENGGUNAKAN METODA RAPD Dibimbing oleh :"— Transcript presentasi:

1 ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinus carpio carpio koi) DAN IKAN MAS MAJALAYA (Cyprinus carpio carpio) MENGGUNAKAN METODA RAPD Dibimbing oleh : Ir. Ibnu Dwi Buwono, Msi. Yuniar Mulyani, SP. Msi.

2 Menurut Haymer (1994) keragaman genetik pada organisme dapat dianalisis dengan melihat DNA. pendekatan molekuler yaitu dengan metode RAPD (Randomly Amplified Polymhorpic DNA). Pencegahan Inbreeding Keanekaragaman ikan Koi dan mas Majalaya

3 Melihat sejauhmana tingkat kekerabatan genetik pada strain - strain ikan Koi (Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri, Yamabuki Ogon, dan Ikan Mas Majalaya). Tingkat kekerabatan dapat dideteksi dengan teknik RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNA-Polymerase Chain Reaction). Kohaku Tancho Yamabuki Ogon

4 Penelitian bertujuan untuk melihat kekerabatan genetik dengan melihat peta sidik jari (fingerprint) pada strain - strain ikan Koi (Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri, Yamabuki Ogon, dan Ikan Mas Majalaya) dengan teknik RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNA- Polymerase Chain Reaction). Asagi Shiro Utshuri Majalaya

5 MANFAAT PENELITIAN Hasil penelitian ini diharapkan menjadi informasi bagi pembenih mengenai tingkat kekerabatan genetik ikan Koi Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri, yamabuki ogon, dan Ikan Mas Majalaya. Mencegah terjadinya inbreeding pada strain ikan mas.

6 Ikan mas bernilai ekonomis tinggi Terjadi banyak persilangan Perlu pengetahuan genetik Genetik dapat analisis melalui penanda molekuler Analisis dilakukan pada tingkat polimorfisme DNA (Beeching et al. 1993) Menggunakan metode RAPD dengan berbagai keunggulan (Hawksworth 1993) Primer RAPD OPA-2, OPA-3, OPA-5, OPA- 12, dan OPA-13 (Yoon dan Park 2001) Terhindarnya inbreeding pada Ikan mas Pemanfaatan sumber daya genetik ikan mas yang lestari

7 Prosedur penelitian Alat dan bahan Waktu dan tempat

8 Waktu : Maret sampai Mei 2012 Tempat : Sampel diambil di BBPBAT Sukabumi dan analisis data dilakukan di Lab. Bioteknologi FPIK

9 Alat – Botol plastic – Gunting – Pinset – Timbangan – Kamera – Cool box – Plastic bening – Autoclave – Microtube – Rak mikrotube – Penggerus – Centrifuge – Water bath – Mikropipet dan microtips – Vortex-mixer – Kulkas – Timer – Botol plastik – Mesin Thermal cycler – Microtube – Cetakan agarose – Hot plate magnetic stirrer – Alat elektoforesis – Power supply – Ultraviolet illuminator – Ember gelap dan tertutup – Sendok pipih – Kamera digital – Computer – Freezer C – Spetofotometer – Timbangan analitik – Gelas ukur

10 Bahan  Ikan Koi Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri, yamabuki ogon, dan Ikan Mas Majalaya berukuran gr  Ethanol : gliserol (4:1)  Akuades  Ethanol 70%  Es curai  CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium Bromide)  Merkaptoentanol  Kloroform : Isoamilalkohol (24:1)  Isopropanol  Fenol (P) : cloroform (C) : isoamilalkohol (I) 25 : 24 : 1  Ethanol 80% dingin  TE 10:1 (1mM Tris-HCL, 0,1mM EDTA, pH 8)  Polyvinylpyrrolidone  Master mix  Primer RAPD OPA-02, OPA-03, OPA-05, OPA-12, OPA-13  DNA  Nuklease free water (NFW)  Gel Agarose  Loading dye  Larutan tris borate EDTA (TBE)  Ethidium Bromide (EtBr)  Marker λ cut Ecor I/ hind III  Akuades  Buffer pemuat (loading buffer)

11 Pengambilan Sampel Isolasi DNA Amflipikasi DNA dengan RAPD Elektropresis Analisis data dengan NTSYS

12 Pengambilan sampelHasil isolasi DNAAmplifikasi DNAAnalisis keanekaragaman

13

14 Sampel ikan..

15 Menggunakan Metoda CTAB (Mulyani 2003)

16 λ K1 K2 T1 T2 O1 O2 A1 A2 S1 S2 M1 M2 P1 P2 λ K3 K4 O3 O4 M3 M4 λ K4 T1 O3 A1 S2 M4 P2 A1: Sampel 1 ikan Koi strain Asagi A2: Sampel 2 ikan Koi strain Asagi S1: Sampel 1 ikan Koi strain Shiro S2: Sampel 2 ikan Koi strain Shiro M1: Sampel 1 ikan Mas Majalaya M2 : Sampel 2 ikan Mas Majalaya M3: Sampel 3 ikan Mas Majalaya M4 : Sampel 4 ikan Mas Majalaya P1: Sampel 1 ikan Patin P2 : Sampel 2 ikan Patin Keterangan : λ : Marker Lambda DNA/EcoR1 K1: sampel 1 ikan Koi strain Kohaku K2 : Sampel 2 ikan Koi strain Kohaku K3: Sampel 3 ikan Koi strain Kohaku K4: Sampel 4 ikan Koi strain Kohaku T1: sampel 1 ikan Koi strain Tancho T2 : Sampel 2 ikan Koi strain Tancho O1: sampel 1 ikan Koi strain Ogon O2 : Sampel 2 ikan Koi strain Ogon O3: Sampel 3 ikan Koi strain Ogon O4: Sampel 4 ikan Koi strain Ogon

17 Menggunakan mesin mesin Mastercycler Personal dari Eppendorf. Primer OPA – 2 dan OPA - 3

18 M K4 T1 O3 A1 S2 M4 P2

19 Step 1 Perhitungan panjang basa setiap pita Step 2 Penentuan pita – pita polimorfik atau monomorfik Step 3 Pengubahan menjadi matriks biner (1/0)

20 Data binnerMenggunakan NTSYS PCMetode UPGMAFenogram

21

22

23

24 Strain Koi kekerabatan relatif jauh indeks kesamaan % Strain Koi kekerabatan relatif dekat indeks kesamaan 84%

25 Lanjutan…. Hubungan kekerabatan ikan Mas Majalaya dan ikan Koi relatif dengan (indeks kesamaan 62%) Primer OPA-2 lebih sensitif dibandingkan Primer OPA-3

26 Metode “Random Amplified Polymorphic DNA” dapat digunakan untuk melihat hubungan kekerabatan sampel ikan Koi (Kohaku, Tancho, Ogon, Asagi, dan Shiro) dan ikan mas Majalaya. Hubungan kekerabatan ikan Mas Majalaya dengan ikan Koi relatif dekat. Koi strain Kohaku, Shiro, dan Tancho memiliki hubungan kekerabatan yang relatif jauh dan berpotensi menghasilkan keturunan dengan heterozigositas tinggi. Koi strain Ogon dan Asagi memliki hubungan kekerabatan yang dekat berpotensi besar menyebabkan inbreeding. Primer OPA-2 dapat mendeteksi hubungan kekerabatan pada setiap strain Koi dan mampu membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya, sedangkan primer OPA-3 tidak mampu membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya.

27 Primer OPA-2 baik digunakan untuk mendeteksi hubungan kekerabatan DNA genom pada spesies ikan Koi (Cyprinus carpio). Perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan jumlah sampel lebih banyak pada setiap strain ikan Koi agar menghasilkan hasil yang lebih baik.

28 TERIMA KASIH

29

30


Download ppt "ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinus carpio carpio koi) DAN IKAN MAS MAJALAYA (Cyprinus carpio carpio) MENGGUNAKAN METODA RAPD Dibimbing oleh :"

Presentasi serupa


Iklan oleh Google