Presentasi sedang didownload. Silahkan tunggu

Presentasi sedang didownload. Silahkan tunggu

- COMPARISON - Multiple Sequences Alignment. Multiple Sequence Alignment ? Usaha penjajaran (alignment) lebih dari satu sekuen Berhubungan dengan penentuan.

Presentasi serupa


Presentasi berjudul: "- COMPARISON - Multiple Sequences Alignment. Multiple Sequence Alignment ? Usaha penjajaran (alignment) lebih dari satu sekuen Berhubungan dengan penentuan."— Transcript presentasi:

1 - COMPARISON - Multiple Sequences Alignment

2 Multiple Sequence Alignment ? Usaha penjajaran (alignment) lebih dari satu sekuen Berhubungan dengan penentuan hipotesis terhadap beberapa sekuen, yaitu seberapa besar perubahan (evolusi) dari sekuen tersebut yang terjadi melalui proses substitusi, delesi, dan insersi pada residu- residu sekuen tersebut. SEKUENSTRUKTUR FUNGSI

3 Program Multiple Alignment MuscleT- CoffeeClustal K-mer clustering, Progressive alignment Progressive global and local alignment ProgressiveProgressive global alignment Accurate Greedy (Less Accurate) FastSlowMedium

4 Progressive Sequence Alignment

5 Input data sekuen Input data  Sekumpulan sekuen yang homolog (Share a common ancestor) Input Sekuen yang homolog  Fasta format Program multiple Alignment Clustal X

6 Hasil Multiple Alignment Perbedaan residu menunjukkan adanya subtitusi Gap “-”  adanya insersi atau delesi residu Residu yang muncul di setiap sekuen ditandai dengan tanda bintang “ * ” Tanda “ : ”  berbeda residu, namun memiliki sifat fisikokimia (hydropathy) yang sama Sekuen Input Residu hasil penjajaran Posisi setiap residu SubtitusiGap Conserve Non Conserve

7 Kriteria dan arti dari Multiple Sequence Alignment KRITERIAARTINYA Structure Similarity Asam amino yang memiliki peran yang sama di setiap struktur berada dalam kolom yang sama. Program  Structure Superposition Evolutionary Similarity Asam amino atau nukleotida yang memiliki sejarah ancestor yang sama dari setiap sekuen ditempatkan ditempat yang sama Functional Similarity Asam amino atau nukleotida yang memiliki fungsi yang sama berada dalam kolom yang sama Sequence Similarity Asam amino yang berada dalam satu kolom adalah yang menghasilkan penjajaran dengan kesamaan (similarity) paling maksimal. Ketika sekuen-sekuen berhubungan dekat, kesamaan struktur, evolusi, dan fungsi sama dengan kesamaan sekuen

8 - PREDIKSI - Filogenetika molekuler

9

10 Ilmu yang mempelajari estimasi atau konstruksi sejarah evolusi dari suatu organisme atau sekuen Filogeni Filogeni yang berdasarkan perbandingan data-data sekuen biologi molekuler (DNA atau Protein)

11 Root Branch (Edges) = Cabang Branch Length = Tingkat perbedaan TERMINOLOGI Node: o Internal (Last Common Anchestor) o Terminal = Leafs (OTUs) Outgroup Gene Tree Species Tree

12 Homolog = kesamaan yang diperoleh dari anchestor (nenek moyang) yang sama. Ortolog = duplikasi ketika inang membelah, bersamaan dengan keseluruhan genom (vertically transmitted/ parent to offspring)  gen X spesies A dengan gen X spesies B Paralog =muncul karena duplikasi gen (multigene family)  Gen X dengan Gen X’  Rentan misinterpretasi (karena hilangnya gen) HOMOLOGY

13 30 November 2008 Filogenetik cenderung tidak bias karena informasi yang digunakan adalah sekuen DNA atau protein Reason to do phylogenetic : –menentukan kekerabatan organisme, pada bateri dengan sekuen 16s rRNA –menentukan fungsi suatu gen –menetukan asal usul gen –melihat persebaran organisme (filogeografi)

14 30 November 2008 DNA vs Protein, the hard choice? –jika organisme/gen berkerabat dekat atau homologi > 70%  DNA –Jika organisme/gen berkerabat jauh atau homologi < 70%  Protein Dari mana Anda tahu nilai homologinya? BLAST Pilihan Anda akan berpengaruh pada hasil Multiple Sequence Alignment

15 30 November 2008 Kunci dari filogenetik yang baik  Multiple Sequence Alignment (MSA) yang baik. Jika MSA Anda tidak cukup baik  pohon filogenetik tidak dapat dipertanggungjawabkan Jika MSA Anda baik  pohon filogenetik dapat dipertanggungjawabkan.

16 30 November 2008 Metode rekonstruksi pohon filogenetik : –Distance based method : Mengukur perbedaan basa/asam amino antara dua sekuen. Semakin kecil perbedaan  berkerabat dekat. Contoh : Neighbor Joining (NJ) –Sequence based method : rekonstruksi filogenetik berdasarkan perbedaan yang ada padaosisis tertentu dari sekuen DNA/protein. Contoh : Maximum Parsimony, Maximum Likelihood & Bayesian Semua metode dapat dipertanggungjawabkan

17 METHODS Distance Matrix Methods (Clustering / Algoritmic Methode)  UPGMA, NJ, Fitch Discrete Data Methode (Tree Searching Methods)  Parsimony, Maximum likelihood, Bayesian BOOTSTRAPPING (D i Uji Kekokohannya )

18 30 November 2008 Bagaimana membaca pohon filogenetik? Clade adalah pengelompokan utama pada pohon filogenetik Jarak antar Clade dilihat dengan membandingkan garis horizontal antar dua cabang dengan skala Pohon filogenetik dengan metode NJ

19 30 November 2008 Bagaimana membaca pohon filogenetik ? Spesies akan memiliki jarak genetik yang kecil Genus bakteri dengan beberapa spesies dicirikan dengan jarak genetik yang cukup jauh Pohon filogenetik 16s rRNA dengan metode NJ

20 30 November 2008 Jarak antar genus dicirikan dengan jarak genetik yang jauh Pohon filogenetik 16s rRNA dengan metode NJ

21 BOOTSTRAPPING

22 30 November 2008 Bootstraping adalah pengujian terhadap kestabilan pengelompokan pada pohon filogenetik kita Semakin tinggi nilai bootstraping semakin stabil pengelompokan dalam pohon filogenetik kita Bootstraping pohon filogenetik 16s rRNA


Download ppt "- COMPARISON - Multiple Sequences Alignment. Multiple Sequence Alignment ? Usaha penjajaran (alignment) lebih dari satu sekuen Berhubungan dengan penentuan."

Presentasi serupa


Iklan oleh Google