INTERAKSI 6,7,4’-TRIHIDROKSI ISOFLAVON DENGAN ESTROGEN RESEPTOR 

Presentasi berjudul: "INTERAKSI 6,7,4’-TRIHIDROKSI ISOFLAVON DENGAN ESTROGEN RESEPTOR "— Transcript presentasi:

1 INTERAKSI 6,7,4’-TRIHIDROKSI ISOFLAVON DENGAN ESTROGEN RESEPTOR 
Ira handayani Pembimbing : Fida M. Warganegara Departemen Kimia Program Pascasarjana Institut Teknologi Bandung

2 METODOLOGI PENELITIAN
AGENDA PRESENTASI PENDAHULUAN TUJUAN TINJAUAN PUSTAKA METODOLOGI PENELITIAN HASIL & PEMBAHASAN KESIMPULAN

3 PENDAHULUAN Estrogen Reseptor (ER) merupakan target penting dalam dunia pengobatan sebagai hormon pengganti pada wanita yang menopouse dan sebagai obat kemoterapi melawan kanker Isoflavon kedelai, seperti genistein, daidzein dan glycetein, merupakan fitoestrogen yang terikat dengan afinitas yang rendah terhadap kedua bentuk estrogen reseptor (ER) tetapi cenderung mempunyai afinitas yang lebih tinggi terhadap ER. 6,7,4’-trihidroksi isflavon (faktor 2) merupakan suatu isoflavon yang diisolasi dari tempe kedelai yang difermentasi dengan rhizopus oligosporus. Senyawa ini mempunyai sifat sebagai antioksidan yang lebih tinggi dibandingkan genistein dan daidzein (Murata dkk, 1967 dan Ziliken dkk, 1985). Oleh karena itu diasumsikan bahwa afinitas ikatan faktor 2 dengan estrogen reseptor  jauh lebih tinggi dibandingkan genistein

4 TUJUAN Untuk mengetahui interaksi antara ER dengan faktor 2 secara komputasi Untuk mengetahui apakah afinitas ikatan faktor 2 dengan estrogen reseptor jauh lebih tinggi dibandingkan isoflavon lainnya sebagai agonis ER

5 TINJAUAN PUSTAKA

6 Skema Distribusi ER dan ER

7 STRUKTUR ER Kode pdb : 1QKM.pdb

8 Urutan Asam Amino ER-LBD

9 Skema Interaksi Antara Genistein Dengan ER-LBD

10 Teori Protein Docking G = Kvdw *Vvdw + Khb * Vhb + Kele * Vcoul + Ktor * Vtor + Ksol * Vsol G = -RT ln KI KI = e -G/RT

11 METODOLOGI PENELITIAN
Model Ligand Binding Domain ER Persiapan Database Ligan Docking Reseptor-Ligan dan Virtual Ligan screening.

12 HASIL & PEMBAHASAN Struktur Ligand Binding Domain ER Database Ligan
Docking Reseptor-Ligan dan Virtual Ligan screening.

13 Grafik Energi Minimum Struktur ER-LBD

14 Stuktur ER-LBD sebelum dan sesudah minimisasi dan equlibrasi
Harga RMSD : 1.234 Sebelum minimisasi & equlibrasi (Biru). Dan setelah minimisasi & equlibrasi (Ungu)

15 Database Ligan

16 Tabel hasil keluaran Autodock dari docking antara ER-Faktor 2
Konformasi Binding Energy (Kcal/mol) Docking energy (Kcal/mol) Inhib constant Intermol Internal Torsional Ikatan Hidrogen Hidrogen Lain Glu 305 Arg 346 His 475 1 -6.79 -7.27 1.06e-5 -7.1 -0.17 0.31 - * Leu339 Gly472 2 -4.98 -5.49 -5.3 -0.2 Trp335 3 -7.55 -7.99 -2.9e-6 -7.87 -0.12  Phe356 4 -7.31 -7.79 4.36e-6 -7.62 -0.16 5 -5.37 -5.88 -5.68 -0.19 Ser408 Tyr488 Arg329 6 -6.16 -6.6 3.05e-5 -6.47 -0.13 7 -6.45 -6.96 1.87e-5 -6.76 8 -6.53 -7.0 1.63e-5 -6.84 9 -6.35 2.41e-5 -6.61 -0.15 Ile373 10 -5.94 -6.42 4.4e-5 -6.25 Met473 = ada - = tidak ada

17 Perbandingan Energi Terendah
Urutan Ligan Binding energy (Kcal/mol) Docking energy (Kcal/mol) Inhib constant 1 Estrogen (E2) -9.03 -9.06 2.42e-07 2 Faktor 2 -7.55 -7.99 2.9e-06 3 Genistein -7.28 -7.75 4.66e-6 4 6, 7-dihidroksi-4’- metoksiisoflavon -7.25 -7.91 4.85e-06 5 Daidzein -7.14 -7.59 5.9e-06 6 Glycitein -7.02 -7.69 7.09e-06 7 6,4’-dihidroksi- 7-Metoksiisoflavon -7.0 7.42e-06 8 Biochanin A -6.93 -7. 54 8.73e-06

18 Urutan potensi estrogenik fitoestrogen untuk ER
Menurut Kuiper dkk: E2 genistein = coumestrol  zearalenone  daidzein  biochanin A = apigenin = kaempferol = naringenin  phloretin = quercetin = ipriflavone = formononetin =chrysin Berdasarkan virtual ligan screening: E2 > Faktor 2 > Genistein> 6, 7-dihidroksi-4’- metoksiisoflavon >Daidzein > Glycitein > 6,4’-dihidroksi- 7-Metoksiisoflavon >Biochanin A

19 Kesimpulan Interaksi antara ER dengan faktor 2 merupakan interaksi dengan 4 ikatan hidrogen yaitu interaksi antara gugus O pada faktor 2 dengan gugus H residu Arg346 pada ER. Dan interaksi antara gugus H pada faktor 2 dengan residu Glu305, Gly472, dan Phe356. Afinitas ikatan faktor 2 dengan estrogen reseptor  jauh lebih tinggi dibandingkan genestein, daidzein, biochanin A, glycitein, 6, 7-dihidroksi-4’- metoksiisoflavon dan 6,4’-dihidroksi-7-methoksiisoflavon sebagai agonis ER

20 Ucapan Terimakasih Dr. Muhamad A. Martoprawiro (Dosen Kimia Komputasi dan teori) untuk fasilitas komputasi dan diskusi yang membantu penelitian saya

21 terima kasih atas perhatiannya

22 Model Ligand Binding Domain ER
1QKM.pdb NAMD Energi Minimum Reseptor.pdb T Y

23 Persiapan Database Ligan
Chemsketch Ligan format 2D ACDlabs Ligan format 3D Molda Ligan.pdb

24 Docking Reseptor-ligan Dan Virtual Screening