Presentasi sedang didownload. Silahkan tunggu

Presentasi sedang didownload. Silahkan tunggu

1 PERUBAHAN ASAM AMINO GLN MENJADI LEU PADA KODON rpoB513 Mycobacterium tuberculosis L1 RESISTEN RIFAMPIN Puti Syahrani (20505015) Pembimbing: A. Saifuddin.

Presentasi serupa


Presentasi berjudul: "1 PERUBAHAN ASAM AMINO GLN MENJADI LEU PADA KODON rpoB513 Mycobacterium tuberculosis L1 RESISTEN RIFAMPIN Puti Syahrani (20505015) Pembimbing: A. Saifuddin."— Transcript presentasi:

1 1 PERUBAHAN ASAM AMINO GLN MENJADI LEU PADA KODON rpoB513 Mycobacterium tuberculosis L1 RESISTEN RIFAMPIN Puti Syahrani ( ) Pembimbing: A. Saifuddin Noer, Ph.D

2 2 Materi Presentasi Pendahuluan Tinjauan Pustaka Metodologi Penelitian Hasil dan Pembahasan Kesimpulan

3 3 Latar Belakang Data WHO 2006: Menginfeksi 1/3 populasi dunia 8 juta kasus TB aktif/tahun Tingkat kematian 2 juta orang/tahun Indonesia : Peringkat ketiga, tingkat kematian orang/tahun Jawa Barat peringkat keempat Pendahuluan Mycobacterium tuberculosis Antibiotik Penderita Tuberkulosis RESISTEN !!

4 4 Resistensi M. tuberculosis Pendahuluan SINGLE MDR XDR Resisten Rifampin & Isoniazid katG –  INH R (Musser, 1995; Ramaswamy, 1998) rpoB –  RIF R (Telenti, et al.,, 1993; Musser, 1995; Ramaswamy, 1998) Mutasi gen rpoB (pengkode RNA polimerase subunit  Daerah penentu sifat resistensi RIF, 81 pb, kodon Dideteksi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) multipleks spesifik alel Mutasi paling umum dan persentasenya % No Kodon 42%Ser  Leu43% %His  Tyr36% 526 Mutasi pada gen rpoB

5 5 Menentukan penyebab resistensi RIF pada isolat klinis M. tuberculosis MDR selain mutasi pada rpoB526 dan rpoB531 Tujuan Penelitian Isolat klinis M. tuberculosis MDR, katG - tetapi rpoB + (tidak termutasi pada kodon rpoB526 dan rpoB531) (Noviana, 2006) Pendahuluan Strategi: Amplifikasi Polymerase Chain Reaction (PCR) multipleks Sekuensing fragmen hasil PCR Analisis in silico

6 6 Rifampin RNA Polimerase - Rifampin Tinjauan Pustaka RNA polimerase (RNAP) berperan pada proses transkripsi, terdiri atas subunit   ’  Target rifampin (RIF), obat anti- TB lini pertama RIF berikatan dengan RNAP subunit  pada kantung pengikatan RIF RIF menghambat proses transkripsi dengan menghalangi jalur perpanjangan RNA (Campbell, et al.2001) Interaksi RNAP Taq – RIF (Campbell, et al., 2001)

7 7 Polymerase Chain Reaction (PCR) Multipleks Menggunakan sepasang primer luar (forward dan reverse), ditambah primer dalam Mengamplifikasi sekaligus dua atau lebih fragmen target Dapat digunakan untuk mendeteksi mutasi pada posisi- posisi tertentu Tinjauan Pustaka Fragmen AC Fragmen BC Primer forward Primer reverse Primer dalam A B C

8 8 PCR Multipleks: rpoB526 dan rpoB531 Isolat L1, L16, R4, R7 Visualisasi gel agarosa 1,5% Metodologi Penelitian PCR Multipleks Sekuensing Analisis in silico Metodologi Penelitian Sekuensing: Macrogen Inc., Korea 3730xl DNA analyzer Salah satu primer Fragmen 249 pb Analisis in silico: Penjajaran (alignment) SeqMan dan MegAlign DNA Star Pemodelan PyMOL

9 9 Hasil PCR Multipleks rpoB526 M : pUC19/HinfI C+ : Kontrol + (M. tbc H37Rv) Hasil & Pembahasan MC- L1C+L16R4R7 249 pb 181 pb 249 pb 181 pb RR RF R526 CAC pb 517 pb 396 pb 214 pb 75 pb Ujung 3’ primer dalam komplemen dengan basa kedua kodon 526.

10 10 MC- L1C+L16R4R7 249 pb 167 pb Hasil PCR Multipleks rpoB531 M : pUC19/HinfI C+ : Kontrol + (M. tbc H37Rv) Hasil & Pembahasan 249 pb 167 pb 1419 pb 517 pb 396 pb 214 pb 75 pb Ujung 3’ primer dalam komplemen dengan basa kedua kodon 531. RR RF R TCGTCG

11 11 Rangkuman Hasil PCR Multipleks Hanya isolat M. tbc MDR L1 yang tidak termutasi pada rpoB526 dan rpoB531  Sekuensing Hasil & Pembahasan Isolat 249 pb 167 pb rpoB531 L1 + L16 x- R4 x- R7 x- Isolat 249 pb 181 pb rpoB526 L1 + L16 + R4 + R7 +

12 12 Penjajaran SeqMan DNA Star Hasil & Pembahasan Penjajaran MegAlign : Mutasi A (adenin)  T (timin) pada basa kedua kodon rpoB513 (CAA  CTA) menyebabkan Gln (Q)  Leu (L)

13 13 Mutasi rpoB513 Wild type (H37Rv) Isolat L1 Glutamin (Gln, Q) (Polar/hidrofil, tidak bermuatan) Leusin (Leu, L) (Non polar/ hidrofob, alifatik) Hasil & Pembahasan mutasi translasi

14 14 Interaksi RIF-RNAP Gln  Leu menyebabkan hilangnya ikatan hidrogen dengan RIF Mengganggu interaksi RIF-RNAP & aktivitas inhibisi RIF Dapat menyebabkan resistensi RIF Hasil & Pembahasan O2 N2N2 Pemodelan dengan PyMOL

15 15 Kesimpulan Sifat resistensi RIF pada isolat klinis M. tuberculosis MDR L1 disebabkan adanya mutasi A  T pada basa kedua kodon rpoB513, yang menyebabkan perubahan asam amino Gln  Leu. Perubahan ini dapat mengganggu interaksi RIF-RNAP sehingga RIF tidak dapat menginhibisi RNAP dan M. tuberculosis menjadi resisten RIF.

16 16 SEKIAN TERIMAKASIH

17 17 PCR Multipleks Primer dalam Urutan 5’  3’ Ukuran R526GTCGGGGTTGACCCA15 nt R531ACAAGCGCCGACTGTC16 nt Siklus PCR : Denaturasi awal: 96°C, 3 menit 5 siklus: 95°C, 45 detik - 60°C, 1 menit - 72°C, 30 detik 5 siklus: 95°C, 40 detik - 59°C, 50 detik - 72°C, 30 detik 22 siklus: 94°C, 50 detik - 55°C, 40 detik - 70°C, 30 detik Elongasi akhir pada 72°C selama 3 menit Metodologi Penelitian

18 18 Inhibisi RIF terhadap RNAP Menjadi halangan sterik pada jalur perpanjangan RNA pada ujung 5’, ketika panjang transkrip 2-3 nukleotida (Campbell, et al., 2001) Tinjauan Pustaka

19 19 Daerah resistensi RIF pada RNAP subunit  Tinjauan Pustaka Daerah resistensi RIF pada rpoB prokariot (E. coli, Taq, M. tbc) (Campbell, et al., 2001)


Download ppt "1 PERUBAHAN ASAM AMINO GLN MENJADI LEU PADA KODON rpoB513 Mycobacterium tuberculosis L1 RESISTEN RIFAMPIN Puti Syahrani (20505015) Pembimbing: A. Saifuddin."

Presentasi serupa


Iklan oleh Google