NOMENKLATUR DAN KLASIFIKASI VIRUS Oleh Irda Safni

KLASIFIKASI VIRUS

Apakah tujuan dari klasifikasi? Untuk membuat susunan secara struktural untuk memudahkan perbandingan. Untuk komunikasi keputusan taksonomi kepada komunitas ahli virologi Internasional. Untuk memudahkan prediksi properti virus-virus baru. Kemungkinan hubungan evolusioner

Deskripsi yang digunakan pada Taxonomy Virus Properti Virion Properti Morfologi virion Ukuran; bentuk; kehadiran atau ketidakhadiran amplop atau peplomers; struktur dan simetri capsomer Properti fisik virus Massa molekuler Buoyant density Koefisien sedimentatsi pH stability, Solvent stability, Radiation stability, detergent stability Cation (Mg2+, Mn2+, Ca2+) stability

Deskripsi yang digunakan pada Taxonomy Virus Properti genom Jenis asam nukleat Strandedness of n/acid Linear or circular Sense: +ve or –ve or ambisense Jumlah segmen Ukuran genom atau segmen genom Presence or absence and type of 5’ terminal cap Presence o or absence of5’terminal covalently- linked polypeptide Presence o or absence of 3’terminal poly (A) tract (or other specific tract) Perbandingan sekuensing nukleotida

Deskripsi yang digunakan pada Taxonomy Virus Properti protein Jumlah; ukuran; aktivitas fungsional dan perbandingan sekuensing asam amino Kehadiran dan ketidakhadiran lemak Kehadiran dan ketidakhadiran karbohidrat Organisasi genom dan replikasi Organisasi genom Strategi replikasi asam nukleat Karakteristik transkripsi Karakteristik translasi dan proses setelah translasi Tempat akumulasi protein virion, tempat pertemuan pematangan dan pelepasan Pembentukan badan inklusi sitopatologi

Deskripsi yang digunakan pada Taxonomy Virus Properti Antigenis Hubungan serologi Mapping epitopes Properti biologi Kisarang inang, alam dan eksperimen; patogenisitas,etiologi Patologi, histopatologi, Cara transmisi di alam; hubungan vektor; Distribusi geologi

Klasifikasi Virus Struktur Taksonomi secara umum adalah sebagai berikut: Ordo (-virales) Famili (-viridae) Subfamili (-virinae) Genus (-virus) Spesies (-virus) Virus Bakteri yang disebut “bacteriophage” atau “phage” (dengan beberapa pengecualian).

Tingkat Klasifikasi Virus ordo - famili - subfamili - genus - species - strain/tipe

Contoh: Famili Myoviridae Genus T4-like phages Type species Enterobacteria phage T4 Famili Herpesviridae, subfamily Betaherpesvirinae Genus Muromegalovirus Type species Murine herpesvirus 1

Klasifikasi Virus I - Klasifikasi Baltimore Diciptakan oleh ahli biologi Amerika bernama David Baltimore Klasifikasi berdasarkan sintesa virus, yan membagi virus menjadi famili2 berdasarkan jenis genomnya. Semua virus harus menghasilkan mRNA, atau (+) sense RNA Prinsipnya sangat mendasar untuk memahami klasifikasi virus dan replikasi genom, tetapi jarang digunakan.

Klasifikasi I - Klasifikasi Baltimore Berdasarkan kandungan genetika dan strategi replikasi virus. Berdasarkan Klasifikasi Baltimore, virus dibagi menjadi 7 kelompok, yaitu: 1. Virus dsDNA 2. Virus ssDNA 3. Virus dsRNA 4. Virus (+) sense ssRNA (di-kode langsung dari protein) 5. Virus (-) sense ssRNA 6. Virus RNA reverse transcribing 7. Virus DNA reverse transcribing ds = double strand; ss= single strand

Grup I: dsDNA Viruses Tidak ada virus dsDNA yang dijumpai menginfeksi tumbuhan. Merupakan virus terbanyak yang diketahui Ukuran Genom bervariasi dari 5 -1180 Kb Genomnya tidak berfragmen Genomnya berbentuk linier dan circular Ukuran genom yang besar berhubungan dengan kestabilan dsDNA Tingkat kesalahan selama replikasi kecil Phages adalah virus dsDNA (95%)

Grup II : ssDNA Viruses Virus ssDNA Viruses memiliki karakteristik sbb: Genom kecil, 2-7 Kb Kemungkinan karena ketidakstabilan ssDNA secara alami dibanding dsDNA Genom circular kecuali Parvoviridae (hairpin) Tidak memiliki amplop Umumnya kapsid icosahedral

Grup III: dsRNA Viruses Menggunakan RNA dependent polymerase Icosahedral capsids Kapsid tetap berada di dalam sel. kenapa? Perlindungan genom. Transkripsi terjadi melalui virus RNA polymerases Reoviruses (dsRNA) mampu menginfeksi lebih dari 1 spesies (tumbuhan, vertebrata, jamur). Rhabhoviridae dapat menginfeksi lebih dari 1 spesies Mereka membawa replikasi/traskripsi RNA mereka sendiri membuat mereka lebih mudah beradaptasi

Viruses dengan genom + strand RNA Grup IV: Viruses dengan genom + strand RNA Sangat umum pada virus tumbuhan Hanya 1 famili phage family yang merupakan + ssRNA gRNA viruses mempunyai genom linear Sama seperti virus ssDNA, mereka peka terhadap degradasi nuclease dan kation Virus Corona mempunyai genom + virus ssRNA terbesar (16-30 Kb)

Grup V: - ssRNA Viruses Beberapa merupakan virus mematikan, seperti: Ebola, rabies, influenza, campak Hanya nucleocapsid berbentuk helical Nucleocapsid cenderung untuk memberi stabilitas bagi RNA dependent RNA polymerase untuk membentuk generate + ssRNA + ssRNA=mRNA

Grup VI dan VII: Virus dengan Reverse Transcription 3 famili termasuk ke dalam kelompok ini, yaitu: Retroviridae, Cth. HIV (Grup VI) Hepadnaviridae, Cth. Hep B (Grup VII) Caulimoviridae, Cth. Cauliflower Mosaic Virus Famili-famili ini menggunakan enzim yang menggunakan sebuah cetakan (template) RNA untuk membuat cetakan DNA Reverse transcriptase berada di dalam kapsid

Klasifikasi II - Sistem Klasik Berdasarkan 2 prinsip: Mengklasifikasikan virusnya sendiri, bukan inangnya 2) Genom asam nukleat 3) Properti fisik yang dberbagi dari agens penginfeksi (Cth. capsid symmetry, dimensions, lipid envelope)

Klasifikasi III - Sistem genom Akhir-akhir ini penyusunan virus yang tepat di antara famili-famili menjadi mungkin berdasarkan sekuensing DNA/RNA. Pada tahun 2000, terdapat lebih dari 4000 virus tumbuhan, hewan dan bakteri – di dalam 71 famili, 9 subfamili and 164 genus

RNA viruses From Principles of Virology Flint et al ASM Press

DNA viruses From Principles of Virology Flint et al ASM Press

Kriteria yang membedakan taksa virus Ordo Properti umum di antara beberapa famili adalah: Komposisi biokimia Strategi replikasi virus Struktur partikel Organisasi genom umum Famili Struktur partikel alami Organisasi genom

Kriteria yang membedakan taksa virus Genus Properti umum dengan genus adalah: Strategi replikasi virus Ukuran genom, organisasi dan/atau jumlah segmen Homologi sekuensing Transmisi vektor Spesies Properti umum di dalam spesies adalah: Penyusunan kembali genome Homologi sequensing Hubungan serologi TransmisiVektor Kisaran inang Patogenisitas Distribusi geografi

Kriteria untuk klasifikasi Virus Tumbuhan Struktur partikel virus Partikel properti fisiokimia Properti asam nukleat virus Protein virus Hubungan serologi Activitas di dalam tumbuhan Cara transmisi

Famili dan Genus Virus Tumbuhan Virus tumbuhan sangat beragam, tetapi tidak beragam seperti virus hewan. Mungkin karena faktor persyaratan ukuran yang dapat bergerak dari sel ke sel dari plasmodesmata inang tumbuhan.

NOMENKLATUR VIRUS

Bagaimana virus diberi nama? Berdasarkan: - Penyakit yang disebabkannya poliovirus, rabies virus - Jenis penyakit murine leukemia virus - Lokasi geografis Sendai virus, Coxsackie virus - Penemunya Epstein-Barr virus - Bagaimana awalnya mereka dipikirkan Tobacco mosaic virus, dengue virus (“evil spirit”), influenza virus (the “influence” of bad air) - Kombinasi dari keterangan di atas Rous Sarcoma virus

Beberapa skema lain diusulkan antara tahun 1940 dan 1966 Sistem Latin binomials pertama sekali diusulkan oleh Holmes pada tahun 1939 Beberapa skema lain diusulkan antara tahun 1940 dan 1966 International Committee on the Nomenclature of Viruses (ICNV) (1966) Memberi nama dan mengkatalog-kan virus Diganti nama menjadi: International Committee Taxonomy of Viruses (ICTV) pada tahun 1973.

The International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) telah membuat 20 peraturan tentang nomenklatur. Database ICTV (ICTVdb)- pusat informasi virus: Mengumpulkan informasi dari database seluruh dunia. Membantu mengidentifikasi dan diagnosis penyakit virus baru dan penting.

Terima Kasih