Tata Nama Enzim

Biasanya diberi akhiran –ase pada nama substrat atau reaksi yang dikatalisis Contoh: Alkohol dehidrogenase: oksidasi alkohol Urease: hidrolisis urea DNA polimerase: polimerisasi nukleotida Protease: hidrolisis peptida Metiltransferase: transfer gugus metil

International Union of Biochemistry dan Molecular Biology (IUBMB) Bagaimana dengan? Katalase: reaksi H2O2 menjadi H2O dan O2 Tripsin: Protease, Endopeptidase PERLU ADA ATURAN PERLU CARA SISTEMATIS UNTUK MEMBERI NAMA DAN KLASIFIKASI ENZIM International Union of Biochemistry dan Molecular Biology (IUBMB)

3196 2477 712

Prinsip Penamaan Enzim dikelompokkan dan diberi nama menurut reaksi yang dikatalisisnya. Hanya merujuk pada perubahan reaksi kimia yang disebabkan oleh enzim. Mekanisme reaksi tidak dimasukkan dan juga gugus prostetik atau kofaktor tidak masuk dalam nama.

http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb Enzim mempunyai nama sistematis dan nama trivial. Nama trivial: lebih pendek, mudah dan sering digunakan

Tata Nama Menurut Enzyme Commission (1961), enzim dibagi atas enam kelas tergantung pada reaksi yang dikatalisis. E.C.a.b.c.d a. Kelas enzim b. subkelas enzim c. Sub-sub kelas enzim d.Sub-sub-sub kelas enzim Pengelompokan tidak berdasarkan urutan asam amino, struktur tiga dimensi dan juga tidak berdasarkan mekanisme reaksi

Klasifikasi Enzim Oksidoreduktase Transferase Hidrolase Liase Isomerase Ligase

Oksidoreduktase Mengkatalisis transfer atom H, O atau elektron dari satu substrat ke yang lain. Digit kedua: Hidrogen atau donor elektron 1. Alkohol 2. Aldehid atau keton 3. CH-CH 4. Amin primer 5. Amin sekunder 6. NADH atau NADPH Digit ketiga: Hidrogen atau akseptor elektron 1. NAD+ atau NADP+ 2. Fe 3+ 3. O2 99. Akseptor lain

Oksidoreduktase Nama sistematik ditulis menurut: donor:akseptor oksidoreduktase EC. 1.1.1.1 Nama Sistematik: Alkohol:NAD+ oksidoreduktase Nama Trivial: Alkohol dehidrogenase (Nama trivial: Oksidase, transfer H ke O2; dan dehidrogenase, untuk transfer H ke akseptor selain O2)

Transferase Katalisis transfer gugus fungsi khusus seperti metil, asil, amino, glikosil, atau fosfat dari satu senyawa ke senyawa lain. AX + B BX + A Nama berakhiran X-Transferase, X adalah gugus yang ditransfer. Nama sistematik ditulis menurut: Donor:akseptor gugus transferase

Digit kedua merupakan gugus yang ditransfer 1. satu gugus karbon 2. Gugus Aldehid atau keton 3. Gugus Asil 4. Gugus glikosil 7. Gugus fosfat Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut gugus yang ditransfer E.C.2.1.1: metiltransferase E.C.2.1.2: hidroksimetiltransferase E.C.2.1.3: karboksil atau karbamoil transferase

E.C.2.7.1: fosfotransferase dengan gugus alkohol sebagai akseptor E.C.2.7.2: Fosfotransferase dengan gugus karboksil sebagai akseptor E.C.2.7.3: fosfotransferase dengan gugus nitrogen sebagai akseptor Fosfotransferase mempunyai nama trivial dengan akhiran kinase

Hidrolase Mengkatalisis reaksi hidrolis A-X + H2O X-OH + HA Digit kedua: Jenis ikatan yang dihidrolisis 1. ester 2. glikosidik 4. peptida 5. C-N selain peptida Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut jenis ikatan yang dihidrolisis Nama substrat diberi akhiran –ase. Nama sistematik selalu mengikuti hidrolase.

E.C.3.1.1. Ester karboksilat E.C.3.1.2. Ester tiol E.C.3.1.3 Monoester fosfat E.C.3.1.4 Diester fosfat

Liase Mengkatalisis pemutusan ikatan C-C, C-O, C-N, C-S. Nama sistematik ditulis menurut substrat gugus liase. Nama trivial, misalnya dekarboksilase, aldolase, dehidratase (eliminasi CO2, aldehid, dan air).

Digit kedua: ikatan yang diputus 1. C-C 2. C-O 3. C-N 4. C-S Digit ketiga: gugus yang dihilangkan. Untuk C-C liase 1. gugus karboksil 2. gugus aldehid 3. gugus asam keto

Isomerase Mengkatalisis penataan struktur atau geometri dalam molekul. Enzim diklasifikasikan menurut jenis reaksi yang terlibat. Digit kedua: Jenis Reaksi 1. Rasemisasi atau epimerisasi 2. Isomerisasi cis-trans 3. Oksidoreduktase intramolekul 4. Reaksi transfer intramolekul Digit Ketiga: jenis molekul yang mengalami isomerisasi 1. asam amino 2. asam hidroksi 3. Karbohidrat

Ligase Mengkatalisis pembentukan ikatan baru, disertai dengan hidrolisis ATP atau nukleosida trifosfat lainnya. X + Y + ATP X-Y + ADP + Pi Nama sistematik X:Y ligase Digit kedua: jenis ikatan yang dibentuk 1. C-O 2. C-S 3. C-N 4. C-C

Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut ikatan yang dibentuk E.C. 6.3.1 asam-amonia ligase (amida, sintase) E.C. 6.3.2 asam-asam amino ligase (peptida, sintase)

Contoh ATP + D-glukosa ADP + D-glucose 6- phosphate Nama Sistematis: ATP:glucose phosphotransferase Nama yang Direkomendasi (trivial): Heksokinase EC number: 2.7.1.1 (2) transferase (7) phosphotransferase (1) gugus hidroksil sebagai akseptor (1) nomor seri yang diberikan secara acak

Enzyme Data Base EXPASY (Expert Protein Analysis System) http://www.expasy.ch/ The Comprehensive Enzyme information system http://www.brenda-enzymes.org/index.php3 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg