Virus of Fungi, Yeast and Parasitic Microorganism.

Anggota kelompok : Waode Nur Zara 10407030 Yunitazari Laksmi PW 10407031 Venessa Alia 10407032 Siti Amalia 10407033 Sutina 10407034 Vilandri Astarini 10407035 Angga Kusnan Qodafi 10407036 Oktira Roka Aji 10407038 Nur Azizah 10407039 Anissa Kurnia M 10407040

VIRUS OF FUNGI

Mycoviruses Mr. Hollings of Glasshouse Crop Research Institute, USA untuk pertamakalinya mendapatkan hasil eksperimen mengenai virus yang ditemukan pada jamur Agaricus bisporus yang menyebabkan “die-back disease” pada tahun 1962. Karakteristik yang paling umum dari “mushroom virus diseases” yaitu kerusakan pada panen dan kehiangan kemampuan untuk menghasilkan mycelium.

Morphology of Mycoviruses Bacilliform, rod-shaped, filamentous and herpes types. Pada umumnya isodiametric dengan ukuran 25 and 50 nm (diameter) dan berat partikelnya 6-13 x 106 dalton. Memiliki double-stranded ribonucleic acid (dsRNA), biasanya tersedmentasi menjadi 1-8 segments dengan total molekul 2 to 8.5 X 106 dalton. The dsRNA segments are separately enclosed into identical capsids. This feature of mycoviruses differentiates them from plant and animal dsRNA viruses in which the genetic material segments are, usually, all enclosed in a single virion.

Mycoviruses Beberapa fungi penting yang mengandung Mycoviruses yaitu : Agaricus bisporus (25-50 nm) Alternaria tenius (30-40 nm), Aspergillus foetidus (40-42 nm) Penicillium brevicompactum (40 nm) P.chrysogenum (35 nm), P.funiculosum (25-30 nm) P.notatum (25 nm), Saccharomyces cerevisiae (40 nm).dll

Double-stranded RNA (dsRNA) mycoviruses have been described for wide variety of fungi and plant-pathogenic fungi. Three families based on number of genome segments, capsid structure, and nucleotide sequences : Totiviruses : isometric dsRNA mycoviruses (nonenveloped isometric particles of 25 to 50 nm in diameter and typically cause latent infections in their host fungi), have a nonsegmented genome Partitiviruses : isometric dsRNA mycoviruses, have segmented genomes. Hypoviruses : can result in considerable morphological and physiological changes ( cytological alterations, changes in colony morphology and growth rate, and persistently attenuate novel virulence-related phenotypes (hypovirulence) , lack conventional virions and their dsRNAs are enclosed in host-encoded vesicles

Effect of Mycovirus infection: Morphological differences dramatic changes in the fungal host, including slow growth, formation of colonies with abnormal, irregular margins, and a reduction in the number of viable asexual spores

Characteristics of dsRNA-containing and dsRNAfree isolates of DK21 Isolatea dsRNA Morphologyb Colony diameter (cm)c dsRNA-containing DK21 + Dark red, irregular 0.86 ± 0.25d dsRNA-free DK21 − Pink, circular 2.34 ± 0.13 T-DK B2 1.01 ± 0.33d T-DK C5 0.98 ± 0.51d T-DK D1 0.88 ± 0.08d T-DK F1 2.38 ± 0.04 * Fusarium graminearum isolates

Effect of Mycovirus infection: Change Pathogenicity Hypovirulence or hypovirulence is a phenomenon where the virulence of fungal pathogens is decreased, even lost, due to mycovirus infection. Reduced levels of virulence (hypovirulence) include suppressed sporulation, altered colony morphology, reduced pigmentation, increased oxalate accumulation, and altered cellulase and laccase activities.

Other mycoviruses causing hypovirulence or hypovirulence of plant fungal pathogens include: mitovirus in Cryphonectria parasitica , Ophiostoma novo-ulmi , Sclerotinia homoeocarpa , Chalara elegans and Botrytis cinerea mycoreoviruses in Cryphonectria parasitica , and Rosellinia necatrix some unclassified mycoviruses, such as SsDRV in the family Flexiviridae in S. sclerotiorum , DaRV in Diarporthe ambigua , FgV-DK21 in Fusarium graminearum and a 33-nm isometric mycovirus in B. cinerea

Transmission Mechanism The dsRNA could be cytoplasmically transmitted from one strain fungal host to another during hyphal fusion (anastomosis). Hypal fusion is defined as complete fussion of both wall and cytoplasm and thus is distinc frommere contact and adhesion of hypae

Application Mycovirus used as alternative control of fungal plant pathogen. Problems associated with chemical control (fungicide): chemical does not arrive at the stems efficiently through heavy canopy fungicide resistance of B. cinerea fungicide residues in plant produce environmental pollution.   Non-fungicidal alternatives such as Biological control are necessary and has attracted the interest of many researchers and has lead to discovery of new hypovirulent strains in other fungi

Virus of Fungi Family Genus Materi Genetik unassigned Rhizidiovirus dsDNA Chrysoviridae Chrysovirus dsRNA Endornaviridae Endornavirus Hypoviridae Hypovirus Partiviridae Partitivirus Cryspovirus Reoviridae Mycoreovirus Totiviridae Totivirus Victorivirus Alphaflexiviridae Botrexvirus ssRNA Sclerodarnavirus Gammaflexiviridae Mycoflexivirus Narnaviridae Narnavirus Mitovirus

Rhizidiovirus Virus of Fungi Virion Virus capsid tidak beramplop simetri ikosahedral. nucleocapsidnya isometric Diameter 60 nm. Host Fungi Hyphochytridiomycota Spesies Rhizidiomyces virus (RZV) host : Rhizidiomyces sp.

Hypovirus Virus of Fungi Virion Tidak punya capsid. dsRNA genomenya terencapsulasi memanjang dengan enzim replikasi viralnya di dalam host-derived lipid pleomorphic vesicles (50-80nm in diameter). Spesies Cryphonectria hypovirus 1 (CHV-1) Cryphonectria hypovirus 2 (CHV-2) Cryphonectria hypovirus 3 (CHV-3) Cryphonectria hypovirus 4 (CHV-4) Host Cryphonetria parasitica Sclerotinia scleroliorum Cryphonectria hypovirus 1 (CHV-1)

Partitivirus Virus of Fungi Virion Kapsid ikosahedral Tidak beramplop Diameter 30-35 nm Simetri ikosahedral Contoh : Atkinsonella hypoxylon virus (AhV)

Mycoreovirus Virus of Fungi Virion tidak beramplop Ikosahedral virion dengan struktur kapsid ganda diameter 80 nm Spesies mycoreovirus 1: Cryphonectria parasitica mycoreovirus-1 (CpMYRV-1) mycoreovirus 3: Rosellinia necatrix mycoreovirus-3 (RnMYRV-3) Cryphonectria parasitica adalah fungi yang menyerang tanaman Castanea spp. Tetapi juga terkenal dapat merusak berbagai Quercus spp

VIRUS OF YEAST

Virus pada ragi Saccharomyces cerevisiae Virus of Yeast Virus pada ragi Saccharomyces cerevisiae

Virus of Yeast Saccharomyces cerevisiae killer virus M1 Saccharomyces cerevisiae disebut “killer” karena membawa ds-RNA virus yang menyebabkan mereka dapat mensekresi sejumlah toksin yang bersifat letal untuk sel tertentu Virus M1 (kategori M spesies) merupakan jenis double stranded RNA (ds-RNA) virus pada S.cerevisiae yang berukuran 1.7-2.1 kbp (lebih kecil dari L spesies yang berukuran 4.5) Termasuk cytoplasmic viruslike particles (VLPs). Saccharomyces cerevisiae killer virus M1  mengkode toksin K1 dan K28 yang spesifik untuk mekanisme imunitas

Virus of Yeast Saccharomyces cerevisiae killer virus M1 Produk protein inisial dari proses translasi M ds-RNA disebut prepotoksin. Target prepotoksin adalah secretory pathway dari yeast. Prepotoksin diproses untuk menghasilkan α/β dimer yang bertindak sebagai bentuk aktif dari toksin Mekanisme Toksin K1: K1 berikatan dengan β-1,6-D-glucan receptor pada dinding sel target  masuk ke dalam sel berikatan dengan reseptor plasma membran Kre1p  Membentuk kation-selektif channel ion pada membran yang bersifat letal pada sel

Virus of Yeast Saccharomyces cerevisiae killer virus M1 Mekanisme toksin K28: K28 menggunakan reseptor α-1,6-mannoprotein untuk masuk ke dalam sel Toksin prekursor dapat diimpor ke retikulum enoplasma setelah diproses di RE, K28 pindah ke sitoplasma dan menghentikan sintesis DNA pada nukleus, meransang terjadinya apoptosis

Sekilas Mengenai “Killer Yeast” Virus of Yeast Sekilas Mengenai “Killer Yeast” Killer yeast = ragi (Saccharhomyces cereviseae) yang membawa virus dengan RNA untai ganda. Virus tersebut membuat ragi menghasilkan sejumlah protein racun yang bersifat lethal terhadap sel reseptor. Jenis ragi ini bersifar imun terhadap efek racun dari protein tersebut dikarenakan mempunyai kekebalan intrinsik. Strain “Killer Yeast “ dapat menyebabkan masalah dalam proses komersial  membunuh strain yang diinginkan untuk ditumbuhkan.

Taksonomi Yeast Virus Virus of Yeast Saccharomyces cerevisiae virus L-A Klasifikasi Virus : Grup: Grup III (dsRNA) Famili: Totiviridae Genus: Totivirus Taksonomi Yeast Virus

Virus of Yeast Virus yang telah dijelaskan sebelumnya dinamakan sebagai Saccharomyces cereviseae virus L-A. Merupakan virus dengan RNA untai ganda dan mempunyai bentuk ikosahedral. Mempunyai sebuah segmen genomik tunggal sepanjang 4.6 kb yang mengkode protein coat utamanya: Gag (76 kDa) dan sebuah protein fusi Gag–Pol (180 kDa) dan beberapa sekuen satellite RNA untai ganda = M dsRNAs. Segmen genomiknya mengkode: a. protein coat virus b. protein yang dapat mereplikasi genom virus M dsRNAs mengkode: a. toksin protein sekresi (the Killer Toxin). b. immunitas terhadap toksin tersebut.

Lebih Lanjut Mengenai “The Killer Toxins” Virus of Yeast Lebih Lanjut Mengenai “The Killer Toxins” Protein awal yang merupakan produk hasil translasi M dsRNA dinamakan dengan propotoxin. Toksin ini mempunyai target secretory pathway dari ragi yang terinfeksi. Toksin ini mengalami pemrosesan dan pembelahan untuk memperoleh sebuah dimer alpha/beta dimer  bentuk aktif dari toksin. Jenis toksin virus S.cereviseae: yang paling banyak dipelajari: a. K1 : berikatan dengan reseptor β-1,6-D-glucan pada dinding sel target, bergerak ke bagian dalam sel, dan berikatan dengan reseptor membran plasma Kre1p. Kemudian membentuk channel selektif kation pada membran  bersifat lethal pada sel terkait.

Lebih Lanjut Mengenai “The Killer Toxins” Virus of Yeast Lebih Lanjut Mengenai “The Killer Toxins” b. K28 : menggunakan reseptor α-1,6-mannoprotein receptor untuk memasuki sel, dan menggunakan secretory pathway. Dari ER, K28 bergerak menuju sitoplasma dan menginaktifkan sintesis DNA yang berlangsung dalam nukleus apoptosis.

Pemanfaatan “the Killer Toxins” Virus of Yeast Pemanfaatan “the Killer Toxins” Untuk mengidentifikasi strain  Morace, Archibusacci, Sestito and Polonelli (1984) menggunakan toksin yang dihasilkan dari 25 spesies ragi untuk membedakan di antara sebanyak 112 strain patogen strains, berdasarkan sensitifitasnya terhadap tiap toksin. Untuk mengontrol pertumbuhan ragi yang tidak diinginkan Polonelli et al. (1994) menggunakan sebuah “killer yeast” untuk mengontrol pertumbuhan C. albicans. Untuk agen antifungiBeberapa eksperimen menunjukkan bahwa antibodi yang mempunyai aktivitas biologis serupa dengan “the Killer Toxins” dapat digunakan sebagai agen antifungi.

5S RNA and tRNA-like Molecules Are Associated with Killer Virus Virus of Yeast 5S RNA and tRNA-like Molecules Are Associated with Killer Virus Killer virus ialah virus yang diturunkan (inherited) di sitoplasma pada sel-sel yeast (ragi). Sel-sel yeast yang menjadi inang virus (killers) mensekresi suatu protein toxin yang lethal (mematikan) terhadap sel-sel yang sensitif/tidak mengandung virus Genom killer virus terdiri dari 2 segmen dsRNA yang terkapsidasi dalam sitoplasmik virion pada sel-sel yang terinfeksi.

Virus of Yeast Informasi genetik untuk toxin dan resistensi dikode pada M dsRNA (1830 bp) yang mendandung 200 bp AU-rich region. Segmen dsRNA lain, disebut LA (4980 bp) mengkode sebagian besar protein kapsid (M dan LA terkapsidasi). Molekul dsRNA lain yang disebut LB dan LC terdapat di beberapa sitoplasma, baik killer maupun non-killer yeast.

Virus of Yeast dsRNA virus pada S. cerevisiae terdiri dari 4.5 kb spesies L dan 1.7-2.1 kb spesies M, keduanya ditemukan pada partikel menyerupai virus di sitoplasma (viruslike particles/ VLPs). Spesies L mengkode protein kapsidnya sendiri, dan LA mengkode capsid-polimerase fusion protein (cap-pol) yang diasumsikan menghasilkan VLPs dengan fungsi-fungsi replikase-transkriptase nya. M1 dan M2 dsRNAs mengkode K1 dan K2 toxin serta fungsi dari replikasi.

Virus of Yeast Menyebabkan kontaminasi fermentasi alkohol. Aktivitas volatile tinggi, produksi H2S, off-Fusel falvors disebabkan oleh minyak, acetaldehyd, asam laktat

Contoh ScV-L Virus of Yeast Memiliki dua dsRNAs, dsRNA yang besar adalah 4,9 kbp RNA (L) encapsidated di isometrik yang mencode polypeptida kapsid utama DsRNA lebih kecil (M) adalah berukuran 1,9 kbp polipeptida yang disekresikan toksin (pembunuh pabrik) Simple double-stranded RNA

VIRUS OF PARASITIC MICROORGANISM

Apa itu Parasit? Parasit adalah organisme yang hidup pada inang untuk memperoleh nutrisi tanpa memberikan keuntungan pada inang tersebut. Bahkan cenderung merugikan pada inang. Beberapa contoh parasit diantaranya adalah protozoa, yeast, atau organisme multisellular lainnya seperti fungi atau cacing.

Protozoa Protozoa merupakan hewan bersel tunggal, berinti banyak dan tidak memiliki dinding sel. Ukurannya antara 3-1000 mikron dan merupakan organisme mikroskopis bersifat heterotrof. Beberapa jenis protozoa bersifat parasit dan menyebabkan penyakit pada manusia dan hewan ternak.

Penemuan Virus pada Protozoa Virus atau partikel seperti virus telah terobservasi pada beberapa protozoa, yaitu Leishmania, Entamoeba histolytica, Acanthamoeba sp., Naegleria, Plasmodium vivax, P. berghei, Paramecium aurelia, Carchesilun polypinum dan 19notocoma sabellarum. Pada strain tertentu Paramecium aurelia ditemukan adanya fenomena ‘pembunuh’ (killer) yang berkaitan dengan keberadaan sejumlah partikel yang disebut sebagai kappa di dalam sitoplasmanya.

Kappa Status biologis kappa dan partikel terkait, telah lama menjadi subjek investigasi intensif dan memunculkan banyak spekulasi. Kappa telah diamati sebagai elemen genetika endegenous, virus, rickettsia, bakteri atau alga degenerasi. Bukti yang mendukung bermacam sudut pandang sangat sedikit dan kebanyakan tidak dapat dibuktikan. Sonneborn (1938) menyebut partikel infeksi, innterselular parasit, menjadi manifestasi sebuah level organisasi protoseluler,yang akan menentukan perbedaannya dari tipe bakteri.

Membedakannya.. Ukuran, sensitivitas pada antibotik, reproduksi dengan pembelahan transverse dan keberadaan DNA dan RNA pada partikel yang sama akan menjadikan mereka seperti rickettsia atau bakteri. Sebaliknya, ketiadaan atau sedikitnya enzim dan kegagalan pertumbuhan ekstraseluler akan membuat mereka seperti virus. Konsentrasi DNA dan RNA pada Kappa dan partikel lambda sangat mirip dan tidak dapat membedakan partikel ini dari bakteri.

Keberadaan kappa bergantung kepada gen kromosomal dominan K Keberadaan kappa bergantung kepada gen kromosomal dominan K. Beberapa peneliti, seperti T.M. Sonneborn, mengamati bahwa sel P. aurelia yang mengandung partikel-partikel kappa akan menghasilkan senyawa beracun yang dapat mematikan strain-strain protozoa lainnya yang ada di sekitarnya. Senyawa beracun ini selanjutnya disebut sebagai paramesin, sedangkan partikel-partikel kappa ternyata merupakan bakteri simbion yang kemudian dikenal dengan nama Caedobacter taeniospiralis, yang artinya bakteri pembunuh berbentuk pita spiral.

Kelas Kappa pada Paramecium

Virus Taxonomy

00.075.0.03.001. Leishmania brasiliensis virus 1-1 . Nama, Sinonim dan Silsilah Sinonim: Leishmania RNA virus-1. ICTV memberi akronim LRV1-1. Termasuk tipe spesies genus Leishmaniavirus, famili 00.075.Totiviridae ICTVdB Virus Code: 00.075.0.03.001. nomor assesi Virus : 75003001. kode Obsolete virus: 75.0.3.0.001; nomor assesi superced: 75030001. NCBI Taxon Identifier NCBI Taxonomy ID: 58103.

Sifat Virion Leishmania brasiliensis virus 1-1 Morfologi Virion memiliki capsid tanpa amplop, melingkar dengan icosahedral simetri. Isometric capsid berdiameter 33 nm. Asam Nukleat Genom nya monopartite, hanya satu ukuran partikel yang linear, dsRNA. Panjang genom komplitnya 5284 nukleotida. accession number [M92355].5'-end genom tidak memiliki cap (penutup). Protein Genom virus tersusun atas protein struktural dan non-struktural.

Sifat Biologi Leishmania brasiliensis virus 1-1 Inang Alami Domain Domain Eucarya. Domain Eucarya Protoctistae.

Giardia lamblia Giardia lamblia adalah protozoa penyebab giardiasis, mengganggu pencernaan, dengan berdiam di usus. Menginfeksi dengan membentuk cyst pada saluran pencernaan dan menyebabkan diare dan infeksi usus.

00.075.0.02.001. Giardia lamblia virus Nama, Sinonim dan Silsilah ICTV memberi akronim: GLV. tipe genus 00.075.0.02. Giardiavirus; family 00.075. Totiviridae. CTVdB Virus Code: 00.075.0.02.001. Virus accession number: 75002001. Obsolete virus code: 75.0.2.0.001; superceded accession number: 75020001. NCBI Taxon Identifier NCBI Taxonomy ID: 29255.

Sifat Virion Giardia lamblia virus Morfologi Terdiri atas capsid tanpa amplop, membulat dengan icosahedral simetri, isometric capsid berdiameter 36 nm. Asam Nukleat Genom nya monopartite, hanya satu ukuran partikel yang linear, dsRNA. Panjang genom komplitnya 7000 nukleotida. 5'-end genom tidak memiliki cap (penutup). accession number [L13218]. Proteins Genom virus tersusun atas protein struktural dan non-struktural.

Sifat Biologis Giardia lamblia virus Inang Alami Domain Domain Eucarya. Domain Eucarya Protoctistae.

Acanthamoeba polyphaga Acanthamoeba adalah patogen pada manusia yang menyebabkan enchephalitis fatal (infeksi otak) yang jarang terjadi dan berpotensi menyebabkan infeksi kebutaan pada kornea (keratitis) Ditemukan (1980) amoeba dari mata yang terinfeksi, yang kemudian dihubungkan dengan trauma pada mata. Pada pertengahan 1980 kasus terjadi pada pengguna lensa kontak, penggunannya menjadi sangat beresiko dengan 95% kasus keratitis adalah pengunannya.

00.110.0.01.001. Acanthamoeba polyphaga mimivirus Nama, Sinonim, dan Silsilah Sebelumnya dikenal sebagai Misnomer bradfordcoccus, baru setelah diketahui sebagai virus. Termasuk ke dalam Mimivirus. ICTVdB Virus Code: 00.110.0.01.001. Virus accession number: 11001001. NCBI Taxonomy ID: 212035.

Sifat Virion Acanthamoeba polyphaga mimivirus Morfologi Virion memiliki capsid tanpa amplop,capsid berbentuk bola dengan icosahedral simetri.Isometric capsid berdiameter 300-400nm dan memiliki fibril dengan panjang 80 nm. Capsid virion terusun atas multilayer. Capsid hexagonal. Menunjukan warna gram-positive pada pewarnaan gram. Sifat Psikokimia dan Fisika Virions memiliki buoyant density dalam CaCl sekitar1.36 g cm–3. .

Sifat Virion (2) Acanthamoeba polyphaga mimivirus Asam Nukleat Genomnya tidak segmented dan memiliki molekul tunggal dsDNA sirkuler. Sequence komplit 1181404 nucleotida, dengan accession number [AY653733] yang mengkode1262 genes. Lipid tidak ada Lipid Karbohidrat Tidak ditemukan karbohidrat Antigenitas Penentuan antigen dapat ditemukan pada permukaan virion yang berkoresponden pada 35 KDa polipeptida, dan dapat ditentukan dengan uji immunoblotting.

Sifat Biologis Acanthamoeba polyphaga mimivirus Inang Alami Domain Eucarya, Protoctista Protoctista Divisi Amoebozoa. Klasifikasi Inang Family Amboebidae; Acanthamoeba polyphaga.

Daftar Pustaka Anonim 1, 2009. Hygiene - Viruses, Bacteria, and Parasites.http://www.scientificpsychic.com-health-hygiene.html. Tanggal Akses : 6 November 2009. Anonim 2, 2009. Protozoa. http://www.e-dukasi.net/mol/mo_full.php?moid=134&fname=bio_106_kb1_hal5.htm. Tanggal Akses : 7 November 2009. Anonim 3, 2009. Viruses in Protozoa. http://www.microbiologyprocedure.com/virus-structure-and-classification/viruses-in-protozoa.htm. Tanggal Akses : 7 November 2009. ICTVdB Management (2006). 00.075.0.02.001. Giardia lamblia virus. In: ICTVdB - The Universal Virus Database, version 4. Büchen-Osmond, C. (Ed), Columbia University, New York, USA Büchen-Osmond, C. (Ed) (2006). 00.110.0.01.001. Acanthamoeba polyphaga mimivirus. In: ICTVdB - The Universal Virus Database, version 4. ICTVdB Management, Columbia University, New York, USA ICTVdB Management (2006). 00.075.0.03.001. Leishmania brasiliensis virus 1-1. In: ICTVdB - The Universal Virus Database, version 4. Büchen-Osmond, C. (Ed), Columbia University, New York, USA SONNEBORN, T. M. (1938). Mating types, toxic interactions and heredity in Paramecium aurelia. Science, N.Y. 88, 503

W. J. Van Wagtendonk, Jo Ann D. Clark and G. A W. J. Van Wagtendonk, Jo Ann D. Clark and G. A. Godoy, 1963 National Academy of Sciences Zaifbio, 2009. Sterilitas Jantan pada Jagung. http://zaifbio.wordpress.com/2009/11/01/sterilitas-jantan-pada-jagung/. Tanggal Akses : 7 November 2009. http://www.esrf.eu/events/Seminars/chantal-abergel-18september2009 Anonim 1, 2009. Virus-like particle. http://en.wikipedia.org/wiki/Virus-like_particle (8 Novembr 2009) Anonim 2, 2009. Viral Zone. http://www.expasy.ch/viralzone/all_by_protein/230.html. (8 Novembr 2009) Fauquet,C. 2009. Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. Academic Press. Schmitt, M.J. and D J Tipper, 1990, K28, a unique double-stranded RNA killer virus of Saccharomyces cerevisiae. http://mcb.asm.org/cgi/content/abstract/10/9/4807 (8 November 2009)