Sidik Jari DNA dan Genomik

Presentasi berjudul: "Sidik Jari DNA dan Genomik"— Transcript presentasi:

1 Sidik Jari DNA dan Genomik

2 Sidik Jari DNA DNA dari dua individu berbeda hanya 0,1%
Perbedaan kecil ini bisa digunakan untuk membuat sidik jari genetik Alec J. Jeffreys, University of Leicester, Inggris: Restriction length polymorphism analysis (RFLP) Metode untuk identifikasi varian DNA menggunakan enzim restriksi

3 Microsatellite DNA Urutan nukleotida pendek CACACA yang muncul secara berulang (short tandem repeat, STR) Genom manusia mempunyai (paling sedikit) STR

4 Single Nucleotide Polymorphism
Polimorfisme: jumlah kopi suatu gen dalam satu populasi yang tidak persis sama SNP: perbedaan hanya pada satu pb

5 Proyek Genom Manusia Inisiatif: Departemen Energi 1986
National Institute of Health (NIH) bergabung 1990 Draft Genom manusia, Juni 2000 Selesai April 2003

6 Peta fisik Sequence tagged sites (STS): nukleotida pb dengan urutan yang unik Expressed sequence tag (EST), berasal dari pustaka cDNA Genom atau satu klon dari pustaka dengan insert yang besar dipotong dengan enzim restriksi. Kemudian dilakukan pelacakan marker STS atau EST. Jika kedua marker berdekatan, maka keduanya akan berada pada fragmen DNA hasil pemotongan. Ukuran fragmen ditentukan, dari sini kemudian dibuat perkiraan jarak antar marker.

7 NIH: Contig Pemotongan dengan enzim restriksi menghasilkan fragmen pb Fragmen DNA diklon ke dalam bacterial artificial chromosome (BAC) dan diperbanyak dalam bakteri Genom manusia: klon BAC

8 Satu klon dari pustaka sering kali overlap dengan klon lain.
Daerah yang overlap mempunyai urutan nukleotida yang sama, artinya akan mempunyai sisi pengenalan enzim restriksi yg sama, marker STS sama, dan EST sama.

9 Contig map membandingkan daerah-daerah yang overlap kemudian mengurutkan klon menjadi fragmen yang lebih panjang.

10 Craig Venter/Celera Genomics: Shotgun sequencing
Haemophilus influenzae Genom: 1830 kb Pustaka klon: klon sekuensing

11 Craig Venter/Celera Genomics: Shotgun sequencing
2,9 x 109 pb Satu juta halaman buku, 3000 huruf per halaman Diprediksi mengandung gen Baru 50% fungsinya yang diketahui

12 Genom berbagai organisme

13

14

15

16