Kelompok 2 : 1. Rosa Indrianingsih 2. Fatimah Hanan 3. Feni Permatasari 4. Izdihar Ulfah 5. Lafifatus Solekha 6. Nurul Istikomah 7. Fety Rosana 8. Ria.

Presentasi berjudul: "Kelompok 2 : 1. Rosa Indrianingsih 2. Fatimah Hanan 3. Feni Permatasari 4. Izdihar Ulfah 5. Lafifatus Solekha 6. Nurul Istikomah 7. Fety Rosana 8. Ria."— Transcript presentasi:

1 Kelompok 2 : 1. Rosa Indrianingsih 2. Fatimah Hanan 3. Feni Permatasari 4. Izdihar Ulfah 5. Lafifatus Solekha 6. Nurul Istikomah 7. Fety Rosana 8. Ria Kartika Sari

2 Jahetemu mangga

3 Jahe merupakan salah satu tanaman berupa tumbuhan rumpun berbatang semu. Temu mangga merupakan salah satu tanaman berupa tumbuhan rumpun berbatang semu yang berbau khas seperti mangga

4 utuk membandingkan ketahanan jahe dengan temu mangga terhadap layu bakteri dengan menggunakan metode transkriptomika de novo

5  Layu bakteri pada jahe yang disebabkan oleh ralstonia solanacearum merupakan salah satu kendala produksi didaerah suhu tropis, sub tropis, dan hangat di dunia. Kurangnya genotip dari jahe tersebut yang juga merupakan salah satu kendalanya untuk mengatasi hal tersebut dikembangkanya alat genom tertentu yang akan memudahkan isolasi gen ketahanan terhadap bakteri dan menyediakan reagen genetik untuk mengembangkan varietas tahan terhadap rekayasa genetika.

6  1. jahe dibudidayakan di banyak tropisdan daerah subtropis.  2.Jahe rentan terhadap banyak penyakit.Di antara mereka, layu bakteri (Ralstonia solanacearum) adalah salah satupaling kendala produksi penting dalam tropis, sub tropis dandaerah suhu hangat di dunia

7  3. Geografisdistribusi patogen berkembang dalam beberapa tahun terakhir karenatransmisi yang tidak disengaja dari bakteri melalui terinfeksi rimpang jahe, yang merupakan propagul utama  4. Kurangnya keragaman genetik di jahe ditambah denganresistensi tersedia dalam genus terkait erat membuat penggunaan genomik fungsional pilihan ideal untuk memberikan R. Solanacearum resistensi dalam jahe.

8 1. Pengembangan alat genom isolasi gen ketahanan dan menyediakan reagen genetik untuk mengembangkan varietas tahan dengan rekayasa genetika. Ketidak hadiran benih diatur dalam jahe membuat metode pemuliaan konvensional diterapkan penjamin modifikasi genetik melalui bioteknologicara. Jahe transformable menggunakan Agrobacteriumtumefaciens

9  2. peristiwa transformasi tunggal Disajikan tag urut (EST) sequencing secara tradisional teknologi inti yang digunakan untuk penemuan transkrip referensi. Peneliti telah mengembangkan teknologi sequencing tinggi-throughput disebut berikutnya generasi sequencing (NGS)

10  3. Metode Analisis transcriptome Transkriptomika adalah ilmu yang mengkaji tentang produk transkripsi secara keseluruhan (transkriptom) yaitu RNA dalam suatu organisme.

11  MetodeAnalisis transcriptome cepat dan sederhana karena tidakmemerlukan kloning bakteri dari cDNA. Sebaliknya, cDNA langsung sequencing menghasilkan kedalaman yang luar biasa pendek berbunyi. Ini adalah sebuahlebih komprehensif dan cara yang efisien untuk mengukur transcriptomekomposisi, mendapatkan pola ekspresi RNA, dan menemukan barugen. Selain itu, pendekatan ini sangat sensitif, dan dengan demikian memungkinkandeteksi transkrip rendah kelimpahan. Illumina genom

12  Perbandingan antara jahe dan mangga transkriptomika jahe memungkinkan untuk mengidentifikasi sejumlah besar calon respon patogen gen untuk digunakan dalam jalur belajarterlibat dalam perlawanan terhadap layu bakteri.

13  Rimpang Jahe dan Mango jahe dikumpulkan  dibekukan dalam nitrogen cair dan disimpan pada 280uC sampai beku.  Isolasi RNA total diisolasi Menggunakan Trizol Reagent (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Kemudian dibaca menggunakan database transkriptom

14 penjelasan fungsional dari contigs dilakukan menggunakan software Blast2GO [33]. Menggunakan pengaturan default Blast2GO, urutan contig digeledah terhadap NCBI non-redundant Database protein (nr) dengan nilai harapan BLAST dari 1.0e-3 dan maksimum 20 hits, HSP panjang cutoff (default = 33) dengan rendah kompleksitas filter rendah. Pemetaan langkah yang terlibat pengambilan Gene Ontology (GO) hal yang terkait dengan setiap BLAST hit. penjelasan langkah memberikan GO penjelasan ke urutan query dengan parameter skor penjelasan; e- nilai hit penyaring (default = 1.0E-6), penjelasan cut-off (default = 55), GO-berat (default = 5), hsp-hit cakupan memotong (default = 0). Selain itu, dilestarikan domain / motif menggunakan InterProScan diekstraksi menggunakan plug-in dalam yang Blast2GO. Blast2Go juga diambil Kyoto Ensiklopedia Gen dan peta Genom (kegg) untuk urutan query

15  Mangga jahe lebih tahan terhadap layu bakteri karena dalam analisis transkriptom dihasilkan angka transkrip lebih tinggi yaitu Sebanyak 36.359 dan untuk jahe yaitu 32.312