Sejarah Bioinformatika

Presentasi berjudul: "Sejarah Bioinformatika"— Transcript presentasi:

1

2 Sejarah Bioinformatika
Bioinformatika -> 1980-an Untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi Penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an

3

4 Penyebaran program - program aplikasi bioinformatika melalui Internet memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya. Perkembangan Internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika

5 Pengertian Bioinformatika
Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis Contoh topik utama bidang ini,basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

6 Beberapa Penerapan Bioinformatika
1. Sekuensing 3. PCR (Polymerase Chain Reaction) 2. Bioinformatika dalam virulogi Sekuensing DNA Sekuensing RNA Sekuensing Protein Sekuensing Polisakarida

7 Prinsip Dasar DNA Sequencing
DNA sequencing menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) sebagai pijakannya. DNA yang akan ditentukan urutan basa ACGT-nya dijadikan sebagai cetakan (template) untuk kemudian diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan-bahan yang mirip dengan reaksi PCR, namun ada penambahan beberapa pereaksi tertentu. Proses ini dinamakan cycle sequencing.

8

9

10 Sekuensing RNA Metode yang umum digunakan adalah mula-mula membentuk fragmen DNA dari RNA tersebut dengan enzim transkriptase balik Misalnya, DNA dapat disintesis dari cetakan mRNA dan disebut sebagai DNA komplementer (cDNA).

11 Sekuensing Protein Adalah penentuan urutan asam amino pada suatu protein atau peptida (oligopeptida maupun polipeptida). Metode untuk sekuensing protein umumnya: melibatkan pemutusan ikatan yang diikuti dengan identifikasi asam amino memanfaatkan spektrometri massa yang mampu mengukur massa peptida dengan tepat

12 spektrometri

13 Sekuensing Polisakarida
Alasan teoretis utama ketidaklaziman sekuensing polisakarida adalah bahwa masing-masing polimer lain yang disebutkan di atas secara umum dibentuk oleh satu jenis enzim berdasarkan 'cetakan' tertentu, sedangkan satu penggabungan monomer pada polisakarida dapat dibentuk oleh berbagai jenis enzim

14 PCR (Polymerase Chain Reaction)
Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk mengamplifikasi nukleotida secara in vitro Metoda PCR dapat meningkatkan jumlah urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula, sekitar kali

15 PCR digunakan untuk identifikasi penyakit genetik, infeksi oleh virus, diagnosis dini penyakit seperti AIDS, dll Komponen PCR : 1. DNA template, 2. Primer spesifik, 3. Ensim DNA polimerase yang thermostabil, 4. buffer PCR, 5. ion Mg 2+, dan 6. thermal cycler

16 Bioinformatika dalam Virologi
Beberapa hal yang menjadi dasar pertimbangan : asam nukleat pembentuk genom-nya (DNA atau RNA), bentuk simetri-nya, eksistensi selaput-nya (envelope),dll

17 Berdasarkan tipe genom ini, virus dapat diklasifikasikan secara sederhana menjadi:

18