= Pengendapan protein secara lambat dan terkendali

Presentasi berjudul: "= Pengendapan protein secara lambat dan terkendali"— Transcript presentasi:

1 = Pengendapan protein secara lambat dan terkendali
Kristalisasi protein = Pengendapan protein secara lambat dan terkendali

2 Pengendapan protein Pengendapan dalam pemurnian protein - ammonium sulfat - etanol (dingin) - propanol and isopropanol - polyetilen glikol (PEG) Prinsip: pengikatan air sehingga mengurangi kelarutan protein

3 4 tahap penting dalam kristalisasi
Penentuan kemurnian protein Kelarutan protein dalam pelarut yang cocok (biasanya larutan bufer) Membawa larutan protein ke superjenuh (pembentukan inti kristal) Setelah pembentukan inti, pertumbuhan kristal (pada derajat superjenuh rendah)

4 Bagaimana mencapai superjenuh?
Mengubah suhu Meningkatkan konsentrasi pengendap Teknik yang banyak dipakai: difusi uap tetes mengantung (hanging drop vapour diffusion) Tetes mengandung 50% larutan protein solution dan 50% larutan induk (reservoir) Difusi lambat pelarut dari tetes ke reservoir hingga kesetimbangan

5 Diagram fase kristalisasi: [larutan induk] vs [protein]

6 Contok: kristalisasi fosfolipase A membran luar
Hanging-drop vapour diffusion Protein solution: 8 mg/ml OMPLA 1,5 % -oktil-glukosida 10 mM buffer suksinat, pH 6,5 1 mM NaN3 Reservoir solution: 25-29 % 2-metil,2,4-pentanediol 1 mM CaCl2 0,1 M Bis-Tris pH 6.0

7 Jancarik and Kim, 1991 Merancang matriks jarang untuk kondisi kristalisasi, berbagai pengendap, PH, dan tambahan Seakrang ada di pasaran, seperti oleh Hampton Research, California (Crystal Screen I) Kondisi yang menjanjikan dioptimasi; PH dapat berbeda dari yang tertulis Penapisan mengandung bufer, dan saeringkali cryo-protectant

8 Data kristalisasi dari PDB
26 Agustus 2008: struktur melalui kristalografi sinar-X 8 289 mengandung informasi kristalisasi yang dapat diterjemahkan: jenis bahan kimia dipakai 415 diantaranya hanya digunakan sekali 38 bahan kimia ditemukan lebih dari 100 kristalisasi

9 Bahan kimia yang paling banyak dipakai
2 070 ammonium sulfat 1 623 Tris / Tris-Cl 1 271 PEG 4000 (all PEGS times) 1118 (Na+) HEPES 1116 (Na+) asetat 934 PEG 8000 864 (Na+) sitrat 849 NaCl 641 (Na+) MES

10 Contoh penapisan kristal
PEG 6k, 19.59%, TRIS-Maleate, 0.10M, 5.5,BOG, 0.35% PEG-MME 5k, 25.85% PEG 2k, 6.47% PEG 2k, 14.26%, BisTriPro, 0.10M, 7.5 Na-Acetate, 0.63M, Mg-Acetate, 0.13M Mg-Formate, 0.38M, Ethanol, 4.54%, MG8, 0.45% Na-Malonate pH6, 1.55M, TRIS-Maleate, 0.10M, 5.5, Mg-Sulfate, 0.17M, MG7, 0.48% Na-Formate, 1.03M, Na-Acetate, 0.10M, 5.5 PEG-MME 2k, 6.65% Na-K-Tartrate, 0.25M, Imidazole-Maleate, 0.10M, 6.5, Ethanol, 7.92% Am-Sulfate, 1.20M, Na-Succinate, 0.10M, 7.5, LDAO, 0.96% PEG-MME 5k, 27.49%, Imidazole-Maleate, 0.10M, 7.5

11 References Jancarik, J., Kim, S.H. (1991) J. Appl. Crystallogr. 24, Tran, T.T., Sorel, I., Lewit-Bentley, A. (2004) Acta Crystallogr. D60, Peat, T.S., Christopher, J.A., Newman, J. (2005) Acta Crystallogr. D61,