DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Presentasi berjudul: "DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB"— Transcript presentasi:

1 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
ASAM NUKLEAT Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

2 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Asam nukleat merupakan makromolekul dlm inti sel yg mengandung semua informasi untuk aktivitas maupun reproduksi sel. Berperan: a) Menyimpan informasi genetik b) Proses replikasi dan transkripsi Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

3 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Nukleotida Asam nukleat dibentuk dari nukleotida yg memiliki suatu gula, basa nitrogen, dan fosfat. Sugar Base PO4 Nukleosida Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

4 Molekul Gula pada Nukleotida
Ribosa merupakan penyusun utama DNA 2-Deoksiribosa merupakan molekul gula pada DNA Perhatikan: Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1). Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5). Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2 Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

5 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Basa Nitrogen Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-β pada atom karbon nomor1' dari gula ribosa atau deoksiribosa. Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1 dari struktur cincinnya. Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari struktur cincinnya. Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

6 Ribonukleotida – penyusun RNA
Gula ribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah suatu pirimidin, urasil dan sitosin) pada atom karbon nomor 1‘nya disebut ribonukleosida (dalam contoh di samping adalah uridin dan sitidin). Ribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‘nya disebut ribonukleotida (dalam contoh di samping adalah uridilat atau sitidilat) Penyampaian ribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) U, atau UMP (uridin monofosfat) Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

7 Ribonukleotida utama:
Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

8 Deoksiribonukleotida – penyusun DNA
Gula 2'-deoksiribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah purin; adenin dan guanin) pada atom karbon nomor 1‘nya disebut deoksiribonukleosida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenosin dan deoksiguanosine). Deoksiribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‘nya disebut deoksiribonukleotida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenilat dan deoksiguanilat). Penyampaian deoksiribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) A, atau dA (deoksiA), atau dAMP (deoksiadenosin monofosfat) Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

9 Deoksiribonukleotida Utama:
Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

10 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Penamaan Nukleotida: Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

11 Penamaan Nukleotida: Nukleosida Difosfat dan Nukleosida trifosfat
Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

12 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Senyawa Siklik AMP, Adenosin 3`-monofosfat, dan Adenosin 2`,3`- monofosfat Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

13 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Struktur Primer DNA dan RNA A, G, T, C  DNA A, G, U, C  RNA ikatan phosphodiester Ikatan kovalen yang terjadi antara gugus phosphate pada satu nukleotida, dengan gugus OH pada nukleotida lainnya. Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

14 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Struktur tulang punggung DNA, RNA DNA: 5’-ACGTA-3’ /pApCpGpTpA RNA: 5’-ACGTA-3’ /pApCpGpTpA ?? Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

15 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Struktur sekunder DNA dan RNA Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

16 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

17 Analisis dna

18 Ekstraksi DNA Pengendapan DNA oleh isopropanol
Lisis dinding sel dan membran sentrifugasi Sentrifugasi kembali larutkan DNA Cuci DNA dengan etanol

19 Kualitas DNA Ukuran DNA genom dr beberapa Species (kbp)
E. Coli ,640,000 bp Yeast ,100,000 bp Fruit Fly ,000,000 bp Human 3,000,000,000 bp Pea ,800,000,000 bp Wheat 17,000,000,000 bp 1 kbp and 100 bp ladders Genomic DNA of 5 species of cereals

20 DNA plasmid

21 Kualitas DNA Intensitas rendah Jumlah sedikit/tipis
A B C D E Ladder Intensitas rendah Jumlah sedikit/tipis Tdk ada pemurnian phenol RNA

22 Konsentrasi DNA Spektrofotometer (UV):  260 nm. Optical Density
Wave Length 260

23 Total RNA, diisolasi dari jaringan tikus menggunakan EXT-0003
lane 1: total RNA bag Otak. lane 2: total RNA bag hati lane 3: total RNA bag paru-paru lane 4: total RNA bag limpa Pita rRNA (ada 2, ukuran besar dan kecil), smear kemungkinan mRNA dgn berbagai ukuran. Pita yg Paling bawah tRNA Total RNA terlihat baik, bila proses ekstraksi baik Total RNA: rRNA, tRNA, dan mRNA Kira-kira 95-98% adalah rRNA

24 goresan bakteri mengekspresikan GFP DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Aplikasi DNA Ubur-ubur goresan bakteri mengekspresikan GFP Struktur 3D GFP (Green Fluorescent Protein) GFP Pada Macaca GFP Pada Mencit Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB