MrBayes : Method for Constructing Phylogenetic Tree adi pancoro (adi@sith.itb.ac.id)

MrBayes Is a Bayesian phylogenetics inference program It randomly samples tree topologies using the MCMC (Markov Chain Monte Carlo) procedure and infers the posterior distribution of tree topologies It has a range of probabilistic models available to search for a set of tree with the highest posterior probability It is a fast and capable of handling large datasets.

Ada 4 langkah analisis Filogenetika Bayesian dengan MrBayes READ THE NEXUS DATA FILES SET THE EVOLUTIONARY MODEL RUN THE ANALYSIS SUMMARIZE THE SAMPLES

1. Read the nexus data file : Data file harus sama dengan direktori MrBayes program Data file format dengan NEX Format (pilih output file dari ClustalX) Format statement : datatype=dna MrBayes >exe primates.nex

NEXUS FILE : output file dari ClustalX Format datatype=dna, perlu diperhatikan dalam format Nexus

Running : MrBayes> exe primates.nex (file extension harus ditulis)

2. Set the evolutionary model : Minimum ada 2 perintah yang dibutuhkan untuk model evolusi yaitu lset dan prset Lset : dipakai untuk define the structure of the model Prset : dipakai untuk define the prior probability distribution on the parameters of the model Set model evolusi yang diinginkan atau sesuai. Untuk menset parameter model evolusi dapat dilakukan dengan cara mengetik MrBayes>help atau MrBayes>help <command> <parameter> MrBayes>lset nst=6 rates=gamma

Parameter Lset dapat dirubah sesuai dengan options yang ada. MrBayes>help Lset Parameter Lset dapat dirubah sesuai dengan options yang ada.

MrBayes>help PRset Parameter prset dapat dirubah sesuai dengan options yang ada.

MrBayes>Lset nst=1 rates=gamma

3. Run the analysis MrBayes> mcmc ngen=10000 sample freq= 10 Ngen (number generasi) artinya sedikitnya ada 1000 samples from the posterior probability distrubution (10000/10=1000 sample) Jika memiliki data set yang besar, maka run analysis lebih besar dan samples freq dikurangi Hasil Standard deviation of split frequencies HARUS <0.1

MrBayes> help MCMC

Jawab yes jika hasilnya < 0.1 MrBayes>MCMC ngen=1000 samplefreq=10 Hasil harus < 0.1 Jawab yes jika hasilnya < 0.1

Warning : jika nilai average standard >0.1

4. Summarize the samples Summarize the parameter : MrBayes>sump burnin=250 (25% dari sample (1000) Untuk setiap parameter, nilai PSRF-Potential Scale Reduction Factor harus mendekati 1.0 Jika PSRF tidak mendekati 1.0 maka diperlukan run analysis longer Summarize the trees : MrBayes>sumt burnin=250 (25% dari sample) The program will output : Cladogram with the posterior probabilities Phylogram with mean branch length File output tree dapat dibaca dengan TreeView & Mesquite

MrBayes>help sump

MrBayes> sump burnin=25 Nilai PSRF harus mendekati 1.0

MrBayes>help sumt

MrBayes> sumt burnin=25

OUTPUT FILE DARI SEMUA PROSES MRBAYES DISIMPAN PADA DIREKTORI YANG SAMA DENGAN MRBAYES.EXE Output file MrBayes

BUKA FILE ADH.NEX.CON DENGAN TREEVIEW PROGRAM

TERIMA KASIH