Adritia Suci Wijayanti 10506103 4/7/2017 Homologi Urutan Nukleotida DNA Mitokondria pada Fragmen D-Loop dari Lapisan Endoderm Adritia Suci Wijayanti 10506103 Pembimbing: Achmad Saifuddin Noer, Ph.D 1/20

Agenda Presentasi Pendahuluan Metode Hasil Pembahasan Kesimpulan 4/7/2017 Agenda Presentasi Pendahuluan Metode Hasil Pembahasan Kesimpulan More Free PowerPoint Templates at SmileTemplates.com 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 2/20

Pendahuluan Pengungkapan kasus kriminal  forensik  DNA 4/7/2017 Pendahuluan Pengungkapan kasus kriminal  forensik  DNA Belum dilaporkan ada tidaknya perbedaan urutan nukleotida mtDNA pada berbagai jaringan. 3/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

4/7/2017 Tujuan Menganalisis homologi urutan nukleotida DNA mitokondria pada fragmen D-Loop dari lapisan endoderm pada 2 jaringan, yaitu usus halus dan pankreas yang berasal dari satu individu. 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 4/20

4/7/2017 Embriogenesis 5/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

4/7/2017 DNA Mitokondria 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 6/20

Heteroplasmi Heteroplasmi disebabkan laju mutasi tinggi. 4/7/2017 Heteroplasmi Heteroplasmi disebabkan laju mutasi tinggi. Pada daerah pengode dan daerah yang tidak mengode. Heteroplasmi berupa variasi panjang: HVSI T16189C  poli-C [Bendall et al.,1995] HVSII pada posisi 66 dan 246  poli-G [Cavalier et al., 2000]. Dapat menguntungkan dan merugikan dibidang forensik. 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 7/20

Perbandingan urutan nukleotida 4/7/2017 Metode Sampel Lisis Templat DNA PCR Fragmen hasil PCR Elektroforesis Sequencing Elektroforegram Analisis in silico Perbandingan urutan nukleotida 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 8/20

Kondisi PCR 94°C 94°C 72°C 72°C 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 4/7/2017 Kondisi PCR 94°C 94°C 72°C 72°C 5:00 1:00 1:00 4:00 50°C 4°C 1:00 ̴̴ denaturasi elongasi annealing Primer Urutan (5’  3’) Posisi Ukuran M-1 CACCATTAGCACCCAAACT L 15978 – 15997 20 nt HV2R CTGTTAAAAGTGCATACCGCC H 429 - 409 21 nt 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 9/20

4/7/2017 Sequencing Terminasi DNA polimerase melalui penambahan ddNTP yang kehilangan gugus hidroksi pada karbon 3’ dari gula ribosa. DNA polimerase tidak dapat membentuk ikatan fosfodiester antara dNTP sebelumnya dengan ddNTP. [Sanger et al., 1977]. 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 10/20

Tahap Sequencing Denaturasi templat DNA Penempelan primer (annealing) 4/7/2017 Tahap Sequencing Denaturasi templat DNA Penempelan primer (annealing) Polimerisasi Terminasi oleh ddNTP yang telah diberi senyawa fluororesent Elektroforesis 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 11/20

4/7/2017 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 12/20

Hasil elektroforesis - 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 1419 pb ± 0,9 kb 4/7/2017 Hasil elektroforesis 1419 pb ± 0,9 kb 517 pb 397 pb 214 pb marker - + pankreas Usus halus 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 13/20

4/7/2017 Elektroforegram 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 14/20

Analisis hasil sequencing 4/7/2017 Analisis hasil sequencing 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 15/20

Perbandingan antar jaringan 4/7/2017 Perbandingan antar jaringan Tidak ada perbedaan urutan nukleotida antara usus halus dengan pankreas. 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 16/20

Perbandingan Sampel dengan rCRS 4/7/2017 Perbandingan Sampel dengan rCRS No Usus Halus Pankreas 1 T16519C 2 C16189T 3 A16183C 4 T16172C 5 C16168T 6 C16111T 7 T310TC 8 A263G 9 C253T 10 T152C 11 C132T 12 A73G 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 17/20

4/7/2017 Pembahasan Sampel usus halus dan pankreas individu A: tidak ada perbedaan urutan nukleotida. Individu A: tidak ada perbedaan urutan nukleotida antar jaringan pada lapisan mesoderm [Unwakoly,2010]. Individu B: perbedaan urutan nukleotida pada lapisan mesoderm dan endoderm [Yuniarti, 2009] dan pada lapisan ektoderm [Masykura, 2009]. Tidak ada mutasi saat pembentukan lapisan embrionik pada individu tertentu. 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 18/20

Pembahasan rCRS  9 C dan 1 T pada posisi 16184-16193 4/7/2017 Pembahasan rCRS  9 C dan 1 T pada posisi 16184-16193 Perubahan urutan nukleotida T16189C  poli-C 10 basa [Faika, 2006] Perubahan urutan nukleotida A16183C, T16189C, dan A16194C  poli-C 12 basa. Adanya sub populasi (heteroplasmi) menyebabkan tidak terbacanya urutan nukleotida setelah poli-C. 19/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

4/7/2017 Kesimpulan Diperoleh homologi 100% urutan nukleotida antara sampel usus halus dan pankreas pada individu A. Terdapat 12 perbedaan urutan nukleotida antara sampel dengan rCRS. Kedua sampel termasuk heteroplasmi 26/05/10 Seminar Tugas Akhir 20/20