DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB ASAM NUKLEAT Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB Asam nukleat merupakan makromolekul dlm inti sel yg mengandung semua informasi untuk aktivitas maupun reproduksi sel. Berperan: a) Menyimpan informasi genetik b) Proses replikasi dan transkripsi Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB Nukleotida Asam nukleat dibentuk dari nukleotida yg memiliki suatu gula, basa nitrogen, dan fosfat. Sugar Base PO4 Nukleosida Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Molekul Gula pada Nukleotida Ribosa merupakan penyusun utama DNA 2-Deoksiribosa merupakan molekul gula pada DNA Perhatikan: Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1). Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5). Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2 Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB Basa Nitrogen Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-β pada atom karbon nomor1' dari gula ribosa atau deoksiribosa. Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1 dari struktur cincinnya. Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari struktur cincinnya. Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Ribonukleotida – penyusun RNA Gula ribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah suatu pirimidin, urasil dan sitosin) pada atom karbon nomor 1‘nya disebut ribonukleosida (dalam contoh di samping adalah uridin dan sitidin). Ribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‘nya disebut ribonukleotida (dalam contoh di samping adalah uridilat atau sitidilat) Penyampaian ribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) U, atau UMP (uridin monofosfat) Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Ribonukleotida utama: Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Deoksiribonukleotida – penyusun DNA Gula 2'-deoksiribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah purin; adenin dan guanin) pada atom karbon nomor 1‘nya disebut deoksiribonukleosida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenosin dan deoksiguanosine). Deoksiribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‘nya disebut deoksiribonukleotida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenilat dan deoksiguanilat). Penyampaian deoksiribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) A, atau dA (deoksiA), atau dAMP (deoksiadenosin monofosfat) Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Deoksiribonukleotida Utama: Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB Penamaan Nukleotida: Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Penamaan Nukleotida: Nukleosida Difosfat dan Nukleosida trifosfat Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB Senyawa Siklik AMP, Adenosin 3`-monofosfat, dan Adenosin 2`,3`- monofosfat Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB Struktur Primer DNA dan RNA A, G, T, C  DNA A, G, U, C  RNA ikatan phosphodiester Ikatan kovalen yang terjadi antara gugus phosphate pada satu nukleotida, dengan gugus OH pada nukleotida lainnya. Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB Struktur tulang punggung DNA, RNA DNA: 5’-ACGTA-3’ /pApCpGpTpA RNA: 5’-ACGTA-3’ /pApCpGpTpA ?? Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB Struktur sekunder DNA dan RNA Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Analisis dna

Ekstraksi DNA Pengendapan DNA oleh isopropanol Lisis dinding sel dan membran sentrifugasi Sentrifugasi kembali larutkan DNA Cuci DNA dengan etanol

Kualitas DNA Ukuran DNA genom dr beberapa Species (kbp) E. Coli 4,640,000 bp Yeast 12,100,000 bp Fruit Fly 140,000,000 bp Human 3,000,000,000 bp Pea 4,800,000,000 bp Wheat 17,000,000,000 bp 1 kbp and 100 bp ladders Genomic DNA of 5 species of cereals

DNA plasmid

Kualitas DNA Intensitas rendah Jumlah sedikit/tipis A B C D E Ladder Intensitas rendah Jumlah sedikit/tipis Tdk ada pemurnian phenol RNA

Konsentrasi DNA Spektrofotometer (UV):  260 nm. Optical Density Wave Length 260

Total RNA, diisolasi dari jaringan tikus menggunakan EXT-0003 lane 1: total RNA bag Otak. lane 2: total RNA bag hati lane 3: total RNA bag paru-paru lane 4: total RNA bag limpa Pita rRNA (ada 2, ukuran besar dan kecil), smear kemungkinan mRNA dgn berbagai ukuran. Pita yg Paling bawah tRNA Total RNA terlihat baik, bila proses ekstraksi baik Total RNA: rRNA, tRNA, dan mRNA Kira-kira 95-98% adalah rRNA

goresan bakteri mengekspresikan GFP DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB Aplikasi DNA Ubur-ubur goresan bakteri mengekspresikan GFP Struktur 3D GFP (Green Fluorescent Protein) GFP Pada Macaca GFP Pada Mencit Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB