DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Presentasi berjudul: "DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB"— Transcript presentasi:

1 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
ASAM NUKLEAT DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

2 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Asam nukleat merupakan makromolekul dlm inti sel yg mengandung semua informasi untuk aktivitas maupun reproduksi sel. Berperan: a) Menyimpan informasi genetik b) Proses replikasi dan transkripsi DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

3 FUNGSI NUKLEOTIDA Penting untuk semua sel Komponen cofaktor enzim :
CoA; FAD; NAD; NADP Pembawa energi kimia (Energy Carriers): ATP, ADP, GTP Precursor sintesis DNA Precursor sintesis RNA

4 -- enzymatic RNAs: e.g. ribozymes
-- Except for some animal virus, DNA is genetic material. -- RNAs have more diverged functions: -- structural RNAs: e.g. rRNA -- enzymatic RNAs: e.g. ribozymes -- genetic materials: e.g. HIV virus. -- others: e.g. tRNA, gRNA, etc. -- (deoxy)ribonucleotides are the building blocks of nucleic acids: 3 characteristic components: -- due to the acidity of phosphate＝＞ called nucleic “acid” -- also due to phosphate: DNA and RNA are highly negatively charged. -- phosphate and ribose are hydrophilic DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

5 Nukleotida Asam nukleat dibentuk dari nukleotida yg memiliki suatu gula, basa nitrogen, dan fosfat. Sugar Base PO4 Nukleosida DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

6 Molekul Gula pada Nukleotida
Ribosa merupakan molekul gula pada RNA 2-Deoksiribosa merupakan molekul gula pada DNA Perhatikan: Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1). Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5). Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

7

8 Penamaan Nukleotida: DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

9 Struktur Primer DNA dan RNA
A, G, T, C  DNA A, G, U, C  RNA DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

10 “ Two strands” harus saling komplementer satu sama lain
Pasangan Basa A-T dan G-C yang Berikatan Hidrogen A-T memiliki 2 ikt. Hidrogen G-C memiliki 3 Ikt. Hidrogen DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

11 Knowing sequence of one strand, we will know the
sequence of the other strand. e.g. 5’-GCATCGACCTTT-3’ 3’-?????????????????-5’ if 5’-GCATCGACCTTT-3’ ---- Sense, (+), nontemplate, coding strand 3’-CGTAGCTGGAAA-5’ --- Nonsense, (-), template, noncoding strand transcription RNA 5’-GCAUCGACCUUU-3’ DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

12 Model struktur DNA Watson-Crick
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

13 Molekul DNA sirkular dan superkoil
supercoiled relaxed DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

14 RNA mRNA (messenger RNA) rRNA (ribosomal RNA) tRNA (transfer RNA)
Membawa informasi genetik dari DNA ke ribosom untuk sintesis protein rRNA (ribosomal RNA) Penyusun 65 % ribosom, sisanya protein Mengenali mRNA tRNA (transfer RNA) Menterjemahkan kode genetik dari mRNA menjadi asam amino tertentu

15 RNA

16

17 Replikasi DNA Semikonservatif
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

18 Proses Replikasi DNA DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

19 Struktur ribosom pada prokariot dan eukariot
DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

20 Metabolisme Asam Nukleat
1. Anabolisme Asam Nukleat Biosintesis Purin Biosintesis Pirimidin 2. Katabolisme Asam Nukleat Degradasi Purin Degradasi Pirimidin Created by WARAS NURCHOLIS DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

21

22 5-Phospho- -D-ribosyl-1-pyrophosphate (PRPP)
Intermediet untuk baik proses de novo and salvage pathway Berasal dari ribosa 5 phosphat

23 Biosintesis De Novo Purines

24

25

26 GAR synthetase IMP synthase AICAR transformylase GAR transformylase
SAICAR lyase FGAR amidotransferase SAICAR synthetase FGAM cyclase AIR karboksilase

27 Hal-hal penting dalam sintesis de novo purin:
Sangat tergantung pada “pool” ribosa Gugus amina  didonor oleh glutamin dgn enzim amidotransferase Glisin dan fumarat  donor ring dlm nukleotida Daur reaksi  dikontrol secara alosterik dgn AMP, ADP, GMP dan GDP.  bekerja pada PRPP amidotransferase

28 Daur diawali dgn perubahan PRPP  IMP
IMP = Inosine monofosfat mrpkn bentuk nukleotida purin yang pertama dibentuk dlm daur ini Sebagai basa adalah hypoxanthin

29 DAUR dr IMP  AMP & GMP Adenilosuksinat synthetase IMP dehidrogenase
XMP aminase Adenilosuksinat lyase DAUR dr IMP  AMP & GMP

30 Metabolisme de novo nukleotida pirimidine
CP synthetase Aspartat transcarbomoylase Dihidrooratate DH dihydrorotase

31 Orotat fosforibosiltransferase
Orotidilate dekarboksilase CTP synthetase UMP kinase Nukleosida diphosphat kinase

32 Hal-hal penting dalam sintesis de novo pirimidine:
cincin pirimidine disintesis terpisah dr gula ribosa nya Daur pirimidine de novo tidak bercabang produk akhir dr daur adalah UMP yang mrpkn bahan dari CMP Reaksi pertama  pembtkan karbamoyl aspartate dr asp dan carbomoyl-P titik regulasi yg penting dlm daur tsb Aspartat transcarbomoylase (ATCase)  diaktivasi oleh ATP dan dihambat oleh CTP sbg produk akhir

33 Degradasi purine Produk akhir katabolisme purin : asam urat

34 Vertebrata terestrial  urea  ureotelic
Burung & reptil  asam urat  uricotelic Binatang di air  ammonia ammonotelic

35 Degradasi pirimidin

36 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Terimakasih DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB