Endonuklease Restiksi Enzim Endonuklease Restiksi

Enzim Endonuklease Restriksi Ditemukan tahun 1962 di dalam bakteri Bakteri E. coli memiliki sistem kekebalan enzimatik yang dapat mengenal dan menghancurkan DNA asing 3,000 telah diidentifikasi, ratusan telah dikomersialkan

Enzim endonuklease yang bersifat khas ini mempuinyai kekhususan karena hanya memotong DNA untai ganda yang mempunyai urutan nukleotida tertentu. Enzim endonuklease restriksi dibedakan menjadi tiga tipe, yaitu tipe I, tipe II,dan tipe III.

Enzim Endonuklease Restriksi Tipe I Enzim endonuklease restriksi tipe I merupakan enzim nuclease yang kompleks, misalnya enzim yang ada pada E. coli B (disebut enzim EcoB), dan E. coli K12 (disebut EcoK). Enzim ini mempunyai aktivitas endonuklease sekaligus metilase dan memerlukan ATP, Mg2+, dan S-adenosil metionin sebagai kofaktor.

Enzim Endonuklease Restriksi Tipe I Enzim ini mengenali urutan nukleotida tertentu (recognition site) yang berupa urutan pasangan basa sebagai berikut: EcoK, mengenali urutan 5’AACNNNNNNGTGC-3’, sedangkan EcoB mengenali urutan 5’-TGANNNNNNNNTGCT-3’. Huruf N menyatakan basa nukleotida apa saja (tidak spesifik).

Enzim Endonuklease Restriksi Tipe I Tidak digunakan dalam rekayasa genetik Meskipun enzim ini secara spesifik mengenali daerah tertentu, tetapi enzim ini memotong DNA pada daerah yang berlainan dengan daerah pengenalannya sehingga pemotongannya tidak spesifik.

Enzim Endonuklease Restriksi Tipe II enzim tipe II mempunyai spesifitas. Daerah yang dikenali maupun daerah yang dipotong enzim tersebut bersifat spesifik dan terletak pada bagian yang sama. Enzim ini sangat stabil dan hanya memerlukan Mg2+ sebagai kofaktor.

Enzim Endonuklease Restriksi Tipe II Enzim endonuklease restriksi tipe II dapat dibedakan atas urutan nukleotida yang dikenali yang dapat berupa urutan empat, lima, atau enam basa spesifik.

Enzim Endonuklease Restriksi Tipe II Contohnya enzim EcoRI yang diisolasi dari bakteri Escherichia coli mempunyai daerah pengenalan dan pemotongan DNA berupa urutan 5’-GAATTC-3’

Endonuklease restriksi tipe III Endonuklease restriksi tipe III juga memotong DNA pada bagian yang spesifik tetapi pada daerah yang berdekatan dengan daerah pengenalannya. Juga tidak digunakan dalam rekayasa genetik

Tata Nama Dinamai dari genus, species, strain, dan tipe Contoh : EcoR1 Genus: Escherichia Species: coli Strain: R urutan penemuan: 1

Recognition Site= Sisi pengenalan Mempunyai simetri (palindromic) Bam H1 site: 5’-GGATCC-3’ 3’-CCTAGG-5’

Sticky ends and blunt ends Ujung lancip dan ujung tumpul Enzim mengenal urutan spesifik 4-8 bp Beberpa enzim memotong dg pola - “sticky ends” EcoRI 5’…GAATTC…3’ 3’…CTTAAG…5’ Beberpa enzim memotong dg pola – “blunt ends” PvuII 5’…CAGCTG…3’ 3’…GTCGAC…5’

Penggunaan dalam rekayasa genetik Human DNA cleaved with EcoRI Corn DNA cleaved with EcoRI + 5’-C-G-G-T-A-C-T-A-OH 3’-G-C-C-A-T-G-A-T-C-T-T-A-A-G-PO4 PO4-G-A-A-T-T-C-A-G-C-T-A-C-G-3’ HO-T-C-G-A-T-G-C-5’ 5’-A-C-G-G-T-A-C-T-A G-A-A-T-T-C-A-G-C-T-A-C-G-3’ 3’-T-G-C-C-A-T-G-A-T-C-T-T-A-A-G T-C-G-A-T-G-C-5’ Complementary base pairing + DNA Ligase, + ATP recombinant DNA molecule 5’-A-C-G-G-T-A-C-T-A-G-A-A-T-T-C-A-G-C-T-A-C-G-3’ 3’-T-G-C-C-A-T-G-A-T-C-T-T-A-A-G-T-C-G-A-T-G-C-5’