ELVIN GIANTARA MUHARAM 230110080022 ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinus carpio carpio koi) DAN IKAN MAS MAJALAYA (Cyprinus carpio carpio) MENGGUNAKAN METODA RAPD UJIAN KOMPREHENSIF DISUSUUN OLEH : ELVIN GIANTARA MUHARAM 230110080022 Dibimbing oleh : Ir. Ibnu Dwi Buwono, Msi. Yuniar Mulyani, SP. Msi.

LATAR BELAKANG Menurut Haymer (1994) keragaman genetik pada organisme dapat dianalisis dengan melihat DNA. pendekatan molekuler yaitu dengan metode RAPD (Randomly Amplified Polymhorpic DNA). Pencegahan Inbreeding Keanekaragaman ikan Koi dan mas Majalaya

IDENTIFIKASI MASALAH Melihat sejauhmana tingkat kekerabatan genetik pada strain - strain ikan Koi (Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri, Yamabuki Ogon, dan Ikan Mas Majalaya). Tingkat kekerabatan dapat dideteksi dengan teknik RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNA-Polymerase Chain Reaction). Tancho Kohaku Yamabuki Ogon

Tujuan Penelitian Penelitian bertujuan untuk melihat kekerabatan genetik dengan melihat peta sidik jari (fingerprint) pada strain - strain ikan Koi (Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri, Yamabuki Ogon, dan Ikan Mas Majalaya) dengan teknik RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNA-Polymerase Chain Reaction). Shiro Utshuri Asagi Majalaya

Mencegah terjadinya inbreeding pada strain ikan mas. MANFAAT PENELITIAN Hasil penelitian ini diharapkan menjadi informasi bagi pembenih mengenai tingkat kekerabatan genetik ikan Koi Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri, yamabuki ogon, dan Ikan Mas Majalaya. Mencegah terjadinya inbreeding pada strain ikan mas.

PENDEKATAN MASALAH Ikan mas bernilai ekonomis tinggi Terjadi banyak persilangan Perlu pengetahuan genetik Genetik dapat analisis melalui penanda molekuler Analisis dilakukan pada tingkat polimorfisme DNA (Beeching et al. 1993) Menggunakan metode RAPD dengan berbagai keunggulan (Hawksworth 1993) Primer RAPD OPA-2, OPA-3, OPA-5, OPA-12, dan OPA-13 (Yoon dan Park 2001) Terhindarnya inbreeding pada Ikan mas Pemanfaatan sumber daya genetik ikan mas yang lestari

METODE PENELITIAN Prosedur penelitian Alat dan bahan Waktu dan tempat

Waktu dan Tempat Waktu : Maret sampai Mei 2012 Tempat : Sampel diambil di BBPBAT Sukabumi dan analisis data dilakukan di Lab. Bioteknologi FPIK

Alat dan Bahan Botol plastik Mesin Thermal cycler Microtube Botol plastic Gunting Pinset Timbangan Kamera Cool box Plastic bening Autoclave Microtube Rak mikrotube Penggerus Centrifuge Water bath Mikropipet dan microtips Vortex-mixer Kulkas Timer Botol plastik Mesin Thermal cycler Microtube Cetakan agarose Hot plate magnetic stirrer Alat elektoforesis Power supply Ultraviolet illuminator Ember gelap dan tertutup Sendok pipih Kamera digital Computer Freezer -200C Spetofotometer Timbangan analitik Gelas ukur

Primer RAPD OPA-02, OPA-03, OPA-05, OPA-12, OPA-13 DNA Bahan Polyvinylpyrrolidone Ikan Koi Kohaku, Tancho, Asagi, Utsiro Usuri, yamabuki ogon, dan Ikan Mas Majalaya berukuran 200-300 gr Master mix Primer RAPD OPA-02, OPA-03, OPA-05, OPA-12, OPA-13 Ethanol : gliserol (4:1) DNA Akuades Nuklease free water (NFW) Ethanol 70% Gel Agarose Es curai Loading dye CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium Bromide) Larutan tris borate EDTA (TBE) Ethidium Bromide (EtBr) Merkaptoentanol Marker λ cut Ecor I/ hind III Kloroform : Isoamilalkohol (24:1) Isopropanol Buffer pemuat (loading buffer) Fenol (P) : cloroform (C) : isoamilalkohol (I) 25 : 24 : 1 Ethanol 80% dingin TE 10:1 (1mM Tris-HCL, 0,1mM EDTA, pH 8)

Prosedur penelitian Pengambilan Sampel Isolasi DNA Amflipikasi DNA dengan RAPD Elektropresis Analisis data dengan NTSYS

Hasil dan Pembahasan Pengambilan sampel Hasil isolasi DNA Amplifikasi DNA Analisis keanekaragaman

Pengambilan sampel Tancho Ogon Kohaku Patin

Sampel ikan.. Asagi Shiro Majalaya

Isolasi DNA Menggunakan Metoda CTAB (Mulyani 2003) Pelet DNA

λ K3 K4 O3 O4 M3 M4 Keterangan : λ K4 T1 O3 A1 S2 M4 P2 λ K1 K2 T1 T2 O1 O2 A1 A2 S1 S2 M1 M2 P1 P2 21.226 bp 21.226 bp Keterangan : λ : Marker Lambda DNA/EcoR1 K1 : sampel 1 ikan Koi strain Kohaku K2 : Sampel 2 ikan Koi strain Kohaku K3 : Sampel 3 ikan Koi strain Kohaku K4 : Sampel 4 ikan Koi strain Kohaku T1 : sampel 1 ikan Koi strain Tancho T2 : Sampel 2 ikan Koi strain Tancho O1 : sampel 1 ikan Koi strain Ogon O2 : Sampel 2 ikan Koi strain Ogon O3 : Sampel 3 ikan Koi strain Ogon O4 : Sampel 4 ikan Koi strain Ogon λ K4 T1 O3 A1 S2 M4 P2 A1 : Sampel 1 ikan Koi strain Asagi A2 : Sampel 2 ikan Koi strain Asagi S1 : Sampel 1 ikan Koi strain Shiro S2 : Sampel 2 ikan Koi strain Shiro M1 : Sampel 1 ikan Mas Majalaya M2 : Sampel 2 ikan Mas Majalaya M3 : Sampel 3 ikan Mas Majalaya M4 : Sampel 4 ikan Mas Majalaya P1 : Sampel 1 ikan Patin P2 : Sampel 2 ikan Patin 21.226 bp

Amplifikasi DNA Menggunakan mesin mesin Mastercycler Personal dari Eppendorf. Primer OPA – 2 dan OPA - 3

Hasil amplifikasi DNA OPA - 2 OPA - 3 M K4 T1 O3 A1 S2 M4 P2 10000 bp 10000 bp 3000 bp 3000 bp 1500 bp 1500 bp 500 bp 500 bp

Analisis hasil amplifikasi DNA Step 1 Perhitungan panjang basa setiap pita Step 2 Penentuan pita – pita polimorfik atau monomorfik Step 3 Pengubahan menjadi matriks biner (1/0)

Analisis keanekaragaman Data binner Menggunakan NTSYS PC Metode UPGMA Fenogram

Fenogram OPA 2

Fenogram OPA - 3

Fenogram OPA - 2 dan OPA - 3

Analisis keanekaragaman Strain Koi kekerabatan relatif jauh indeks kesamaan 48 -53% Strain Koi kekerabatan relatif dekat indeks kesamaan 84% Tancho Shiro Kohaku Asagi Ogon

Lanjutan…. Mas Majalaya Hubungan kekerabatan ikan Mas Majalaya dan ikan Koi relatif dengan (indeks kesamaan 62%) Primer OPA-2 lebih sensitif dibandingkan Primer OPA-3 Mas Majalaya

Kesimpulan Metode “Random Amplified Polymorphic DNA” dapat digunakan untuk melihat hubungan kekerabatan sampel ikan Koi (Kohaku, Tancho, Ogon, Asagi, dan Shiro) dan ikan mas Majalaya. Hubungan kekerabatan ikan Mas Majalaya dengan ikan Koi relatif dekat. Koi strain Kohaku, Shiro, dan Tancho memiliki hubungan kekerabatan yang relatif jauh dan berpotensi menghasilkan keturunan dengan heterozigositas tinggi. Koi strain Ogon dan Asagi memliki hubungan kekerabatan yang dekat berpotensi besar menyebabkan inbreeding. Primer OPA-2 dapat mendeteksi hubungan kekerabatan pada setiap strain Koi dan mampu membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya, sedangkan primer OPA-3 tidak mampu membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya.

Saran Primer OPA-2 baik digunakan untuk mendeteksi hubungan kekerabatan DNA genom pada spesies ikan Koi (Cyprinus carpio). Perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan jumlah sampel lebih banyak pada setiap strain ikan Koi agar menghasilkan hasil yang lebih baik.

TERIMA KASIH  

OPA - 2

OPA - 3