Analisis DNA Sampel Ikan : Sampel ikan diambil dari ikan yang mati selama perlakuan yang menunjukkan gejala klinis terkena KHV, seperti pada insang terdapat bintik-bintik putih atau kulit melepuh/ luka. Kemudian dibedah dan diambil insangnya seberat 50mg Ekstraksi DNA : Organ insang sebanyak 50mg digerus dalam appendorf 2ml. Lalu tambahkan 1 ml DNA ekstraktion kit (DNAzol, tri reagent), kemudian dikocok dan inkubasi selama lima menit pada suhu kamar. Selanjutnya disentrifugasi pada 14 000 rpm selama 10 menit dan supernatan dipindah ke appendorf baru. Supernatan diencerkan dengan menambahkan 0,5 ml alkohol 100 % dan dikocok, setelah itu disentrifugasi 10 000 rpm selama lima menit.
Pisahkan supernatan dari endapan Pisahkan supernatan dari endapan. Kemudian menambahkan 1 ml alkohol 90 % pada endapan, kocok sentrifugasi pada 10 000 rpm selama lima menit (diulang sebanyak tiga kali). Pellet didiamkan pada suhu kamar selama lima sampai sepuluh menit. Tambahkan 5 – 200 µl Nuclease Free Water (ddH2O) dan siap digunakan untuki amplifikasi
Amplifikasi DNA : Memasukan dalam ependof 1 butir Master mix (d NTP, Tag Polymerase, Mg CL2) lalu primer 1µl, ddH2O 23 µl, dan DNA template 1µl hasil ekstraksi. Di homogenase, Lalu masukkan ke dalam thermocycler untuk melakukan amplifikasi DNA. Analisis DNA hasil Amplifikasi menggunakan elektroforesis gel agarosa. Ambil loading buffer sebanyak 2 µl di atas parafilm. Ambil marker sebanyak 1µl. Ambil sampel produk PCR masing-masing sebanyak 10µl. Campur marker dan loading dye, lalu masukkan ke dalam sumur (1). Campur sampel produk PCR dan loading buffer di atas parafilm, lalu masukkan ke dalam sumur (2). Campur kontrol positif dan loading buffer di atas parafilm, lalu masukkan ke dalam sumur (3).
Campur kontrol negatif dan loading buffer di atas parafilm, lalu masukkan ke dalam sumur. Kemudian lakukan elektroforesis dengan voltase sebesar 120 volt selama 20 menit. Setelah selesai angkat gel agarosa, lalu rendam ke dam EtBr selama 10 menit dan bilas dengan aquades Setelah di elektroforesis, gel agarosa diamati hasilnya menggunakan UV transilluminator. Lalu didokumentasikan menggunakan kamera palaroid