IDENTIFIKASI, KLASIFIKASI DAN TAKSONOMI BAKTERI BEBERAPA CARA IDENTIFIKASI DAN KLASIFIKASI KONVENSIONAL TAXONOMY didasarkan pada morfologi, pertumbuhan, sifat fisiologi biokimia Fisiologi : uji pH, NaCl, OF, suhu, biovar, bacteriocin Biokimia: uji gram, katalase, oksidase 2. NUMERICAL TAXONOMY didasarkan pd kesamaan dr sejumlah besar karakter fenotipik secara keseluruhan. Metode ini prosesnya lebih lengkap dari pada pd klasifiaksi konvensional, lebih dari 50 karakter fenotipik diuji dan data diprogram di komputer MOLEKULER TAXONOMY didasrkan pada parameter DNA, seperti komposisi dasar guanine cytosine (G+C) homolog, restriksi framen-length polymorphism (RFLP) dan tranfer gen CHEMOTAXONOMY didasarkan pada pembentukan komponen sel, profil metabolik, pigmen misal : komposisi kimia dr peptidoglykan, komponen gula dan asam amino

BEBERAPA BAKTERI PATOGEN TANAMAN GRAM NEGATIF SIFAT-SIFAT PENTING BEBERAPA BAKTERI PATOGEN TANAMAN GRAM NEGATIF SIFAT-SIFAT AGROBAKTERIUM ERWINIA PSEUDOMONAS XANTHOMONAS FLAGEL circumtrich peritrich polar Polar OF O F WARNA KOLONI putih Putih beberapa kuning Putih/ fluoresen Kuning/ kadang putih PENGGUNAAN PATI - ++

Kunci untuk identifikasi bakteri patogen gram negatif Oksidatif …………………………………………………………………………………. 2 fermentatif ……………………………………………………………………………… Erwinia Menghasilkn fluorescen pd medium King’s B ………………………… Pseudomonas tidak menghasilkan ……………………………………………………………….. 3 Menghasilkn 3 ketolaktosa pada agar laktosa ………………………… Agrobacterium tidak menghasilkan ……………………………………………………………….. 4 Oksidatif + ……………………………………………………………………………. 5 Oksidatif - …………………………………………………………………………….. 6 Akumulasi poly-B-hydroxybutirat ( PHB) faktor tumbuh tidak diperlukan …………………………………………………………………… Pseudomonas Tidak tjd akumulasi PHB, biotin diperlukan ………………………... Agrobacterium Koloni kuning ……………………………………………………………………….. Xanthomonas Koloni tidak kuning …………………………………… ..Xanthomonas & Pseudomonas

TEST YG DIGUNAKAN UNTUK MEMBEDAKAN BEBERAPA SPESIES PSEUDOMONAS PATOGEN TANAMAN Group 1. poly-B-hydroxybutirat tidak terakumulasi, arginin dihydrolase negatif 1. Oxidase negatif …………………………..P. syringae 2. Oxidase positif …………………………… P. cichorii Group 2. Poly-B-hydroxybutirat terakumulasi 1. Arginin dihydrolase positif ………………. P. caryophylii 2. Arginin dihydrolase negatif i. tidak denitrifikasi …………………….... P.cepacia P. gladioli P. solanacearum ii. Denitrifikasi……………………………… P. solanacearum sebagian besar strain

Sifat-sifat fenotipik Bakteri R. solanacearum (Hayward, 1994) Reaksi positif Reaksi negatif 1 Larut dlm KOH 3 % (Gram negatif) Pigmen fluoresen 2. katalase Pencairan gelatin 3. Kovac’s oksidase Hidrolisis pati 4. Akumulasi PHB Hidrolisis esculin 5. Menggunakan sitrat Produksi levan 6. Tumbuh pada medium 1% NaCl Tumbuh pada medium 2% NaCl 7 Oksidatif Dehidrolase arginin

PATOGENIK DAN NON PATOGENIK TEST LOPAT UNTUK MEMBEDAKAN PSEUDOMONAD FLUORESEN PATOGENIK DAN NON PATOGENIK SPESIES LEVAN OXIDASE POTATO ROT ARGININ DEHIDROLASE HR TOBACCO P. syringae + - P. fluorescens P. viridiflava

PERBEDAAN RALSTONIA SOLANACEARUM DALAM RAS RAS 1 RAS 2 RAS 3 RAS 4 RAS 5 tanaman Solanaceae, Musaceae yang bersifat diploid Tanaman Musaceae pisang, pisang hias/heliconi a yang bersifat triploid Kentang Jahe mulberry

PERBEDAAN RALSTONIA SOLANACEARUM DALAM BIOVAR KARAKTER BIOVAR 1 2 3 4 5 ASAM DARI: Glukosa Sukrosa Laktosa Maltose Selulosa Manitol Sorbitol Dulcitol Gas dr nitrat + -

IDENTIFIKASI, KLASIFIKASI, DAN TAKSONOMI Identifikasi Bakteri Ciri-ciri utama genus bakteri patogenik tumbuhan : Agrobakterium - berbentuk batang 0,8 x 1,5- 3 um - bergerak dgn 1 – 4 flagel peritrich atau 1 lateral - menghasilkan polisakarida sangat banyak bila pada medium banyak karbohidrat - koloni tidak berwarna dan halus - pada rizosfer dan soil inhabitant - ada 3 spesies 2. Clavibacter (Corynebacterium) - bentuk batang lurus agak sedikit bengkok 0,5 – 0,9 x 1,5 – 4 um - umumnya tidak bergerak, kadang punya 1-2 flagel polar - gram positif - ada 5 spesies

3. Erwinia - bentuk batang lurus 0,5-1,0 x 1,0-3,0 um - bergerak dengan bbrp fflagel peritrich - bersifat anaerob fakultatif - bbrp tidak mengasilkan enzim pektik  nekrotik  E. amilovora - bbrp punya aktifitas pektolitik  busuk lunak  E. carotovora - ada 21 spesies 4. Pseudomonas - bentuk batang yang lurus sampai melengkung 0,5-1 x 1,5-4 um - flagel satu- banyak polar -ada yang menghasilkan pigmen fluoresen ada yang tidak - contoh : P. putida dan P. fluorescens  pigmen fluorescens - P. solanacearum (R. solaancearum)  tidak - Ada 17 spesies

5. Xanthomonas - berbentuk batang lurus 0,4-1,0 x 1,2-3 um -flagel satu polar - pada medium agar umumnya kuning - pertumbuhan lambat - semua spesies patogen tumbuhan - ada 5 spesies 6. Streptomyces - hifa ramping - bercabang tanpa sekat melintang, diameter 0,5 – 2 um - semua spesies penghuni tanah tetap - gram positif - ada 2 spesies