METODE PENELITIAN Ekstraksi DNA genomik (CTAB)

Presentasi berjudul: "METODE PENELITIAN Ekstraksi DNA genomik (CTAB)"— Transcript presentasi:

1 METODE PENELITIAN Ekstraksi DNA genomik (CTAB)
13 Primer mikrosatelit baru berdasarkan sekuen GenBank dan 3 primer reference (Rodrigues, 2009) Amplifikasi Mikrosatelit menggunakan MJ Research thermal cycler dengan kondisi PCR: inisial denaturasi pada 94oC selama 3 menit diikuti dengan 30 siklus dari 30 detik pada 94oC, 40 detik pada suhu annealingnya, 30 detik pada 72oC dan ekstensi akhir selama 5 menit pada 72oC. Untuk profil marka mikrosatelit, Produk PCR dielektroforasi pada 8% Poliakrilamid gel Analisis Data fragmen Mikrosatelit: metode Neighbor-joining pada program PowerMarker

2 Material Anggrek Phalaenopsis
Nama Asal koleksi 1. Phalaenopsis amabilis Kebun Raya Bogor 2. Phalaenopsis amboinensis 3. Phalaenopsis cornucervi 4. Phalaenopsis fuscata 5. Phalaenopsis javanica 6. Phalaenopsis zebrina 7. Phalaenopsis violaceae TAIP Jakarta 8. Phalaenopsis floresensis 9. Phalaenopsis bellina 10. Phalaenopsis gigantea Indoflowers 11. Phalaenopsis schileriana 12. Phalaenopsis lueddemaniana 13. Phalaenopsis mannii 14 15 Permata Anggrek 16 17 Koleksi Sandra 18 Phalaenopsis violaceae sumatra 19 20 Phalaenopsis modesta Ph.cornucervi Ph.floresensis Ph.schilleriana Ph.lueddemanniana Ph.fuscata Ph.amabilis Ph.bellina

3 Primer mikrosatelit Anggrek Phalaenopsis

4 Profil Marka Mikrosatelit
IPS1 IPS2 IPS3 Hasil amplifikasi DNA anggrek Phalaenopsis dengan tiga primer mikrosatelit

5 Data summary dari 16 primer mikrosatelit
pada 17 anggrek Phalaenopsis sp. No Primer Name Repeat Motif Size range No.of alleles Major Allele Freq.(%) Ho He PIC GenBank Accession no. 1. IPS1 (AG)7 3 69 0.0000 0.4615 0.4042 AJ575763 2. IPS2 2 76 0.3599 0.2951 AJ575759 3. IPS4 (AG)6 73 0.4298 0.3855 AJ575750 4. IPS5 54 0.4970 0.3735 AJ566347 5. IPS6 5 72 0.2500 0.4531 0.4215 6. IPS7 (GA)7 4 36 0.7245 0.6740 AJ888295 7. IPS9 58 0.5972 0.5524 AJ575752 8. IPS10 50 0.6667 0.6221 AJ566356 9. IPS13 60 0.5511 0.4846 AJ566353 10. IPS51 (GAA)4 0.5000 0.3750 AY378151 11. IPS52 (TTG)6 0.3077 0.5562 0.4652 12. PGA06 (CA)10 0.3846 0.5828 0.5249 EF (Rodriguez,2009 13. PGVB11 (AT)4 0.3911 0.3146 EF (Rodriguez,2009 14. PGCT13 (CT)15 90 0.0667 0.1844 0.1754 EF545013 (Rodriguez,2009 15. IPS14 (GTT)4 61 0.3333 0.5494 0.4890 AY954515 16. IPS15 (AT)6 0.6111 0.5355 EU023907