DETEKSI VIRUS MELALUI ENZYME- LINKED IMMUNOSORBENT ASSAY (ELISA) Lokasi Pengambilan Sampel Antiserum Potyvirus TMV CMV BBWV1 BBWV2 Bogor 2/5* 0/5 n Garut 3/15 0/15 Ciamis 5/9 0/9 Sukabumi 0/20 7/20 Pasaman Barat 20/45 1/45 0/45 Brebes 0/23 9/23 Pakpak Bharat 0/6 Keterangan *a/b: a sampel menunjukkan positif terinfeksi dari b sampel yang diuji. n : belum diuji

DETEKSI VIRUS MELALUI REVERSE TRANSCRIPTASE-POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) 1 2 3 4 5 6 7 327 bp Visualisasi DNA dari produk RT-PCR menggunakan degenerate primers (MJ1&MJ2) pada agarose gel electrophoresis 1,2%. M=marker 100 bp.(1) sampel nilam varietas Sidikalang asal Bogor; (2) sampel nilam varietas Sidikalang asal Bogor; (3) sampel nilam varietas Lhokseumawe asal Bogor; (4) sampel nilam varietas Tapaktuan asal Bogor; (5) sampel nilam varietas Aceh asal Ciamis; (6) sampel nilam varietas Aceh asal Garut; dan (7) Kontrol Positif.

AMPLIFIKASI GEN CP POTYVIRUS MELALUI REVERSE TRANSCRIPTASE-POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) M 1 2 3 4 5 6 800 bp Hasil amplifikasi DNA sampel daun nilam yang bergejala mosaik dengan metode RT-PCR menggunakan pasangan primer CPUP dan CP9502. Lajur No. 1= kontrol negatif, Lajur No. 2,3,4, 5 dan 6 masing-masing menun jukkan hasil amplifikasi isolat Pasaman, Ciamis, Garut,, Bogor varietas Tapak tuan dan Bogor varietas Sidikalang. M= marker DNA 100 bp.

ANALISA SIKUEN GEN CP POTYVIRUS Sikuen gen CP Potyvirus isolat Indonesia = 800 b atggagaaccgtgctgttccaaacactggtgataatggtggtcgccgcaatcctctggttagaccgttagatgattgcgtagatgacgaggtgcagaacttgggcaggagggacgatccaacatctatcattccggctaatcctaatcgatcttccagttgggctttgttgaacccggatactattaattataacgagttaaggaaattgaaggtacactccactaggggtgatactcttaccttgactcaggaagaggagttcgagaagatactcgaatccttctgcaggcgaataatcggtgagacccagatgacggataagattttcgctggtttctacatgtctatgtgtcaggccattgtaaaccaagggacctcagttaaagcagccggtaataacagtcttgaaaattactttgaggtagatggcgcgagatttaagtgcaaaactccggatttgataaatgaggttagacccaaaatggccgatgttccaaacgctatacgtcggtacgccaggagtcatgaaaagattattcaggactttatcaactccggtcttataaagcctgattatcatttacaattcaaacatggcgtattaccaagccatgtgtttggtaccggcgattatataaatggttcgttgatgaatatctcagatgatcaacttatctcgaacctgcttatgaaaagaaacgctttgtgcaagggtaacgagggcaaggaactgtacaacgttaaccagcttgcatcgataactggttgctaaatggaaaacttatctggtaatgcaaactatgatgaaactaacaccagtcgtgtaaactctgatggaattggaagtcacatggagcatgatgatgatgacaggtcagtcaacggacctccaagtgatgagataaacaatcatactacgagatctgttcatggtagagatcacacgtcaggtaatataggagattactcaaaagctgacttgaatagaattatggtcaaggtcagtagaccggatgctatgagtgaatccgatagtaacttgtataaagaggtgattgttgaatatctgaaaaacaattgtactggaggtgcggaaccggataaagttttagtggttgcattttttgttgcactatgtcagtatgctctcaactctggcacttcggttaaagcaataggtgacaggactgtggatttgagttttgggtatgacaatcaaaaatatacagttaaagcgggacatttcttatcatatgctcaatctagaacgtcaggtcacccaaacgctctaaggaggttcatgcgatctagtctggaaacagttaaacaactacaagatgttgggctgatatattctaatggagtcgtggccgcgaaacatggggttgtgaaagaattcagaaacagctatgcagactttgacactggtcatctagacagaatgtctaacgacgatctggctgcgttgatgttagctaaatgtcatgcattgaagaaatccgaaggtaatagtagaactatatacaatacggtgcaattggctgatatgaaacacccatgctaa

ANALISA SIKUEN GEN CP POTYVIRUS [ALIGNMENT DENGAN SIKUEN GEN CP VIRUS LAIN] Pasaman Barat Garut Ciamis