ASAM AMINO & PROTEIN

Unit dasar struktur protein Asam -amino: asam organik yang mengandung: gugus amino gugus karboksil. atom hidrogen dan gugus R (rantai samping) pembeda Keempat substituen tsb terikat pada atom karbon  (atom C yang letaknya berdekatan dengan gugus karboksil)

Contoh:

Struktur 3D asam -amino Penulisan asam -amino

Asam amino dengan satu C asimetrik dapat menghasilkan 2 senyawa enansiomer. Alanin memiliki enansiomer L dan D. Dua isomer optis aktif ini memiliki arah yang berlawanan dalam memutar bidang cahaya terpolarisasi.

Asam amino standar: asam amino penyusun protein dalam makhluk hidup berbentuk L-asam - amino jumlahnya 20 buah

Karakter 20 asam amino standar

PDI 2 molekul sistein dapat bereaksi membentuk ikatan/jembatan disulfida  ikatan silang (cross link)

Asam amino merupakan molekul amfoter Memiliki pK1, pK2 dan pKR Pada pI: semua molekul berbentuk zwitter ion Pada pH netral atau > pI: dominan bentuk anion Pada pH < pI: dominan bentuk kation

Kenaikan pH

Pembentukan ikatan peptida Gugus peptida Ikatan peptida

Unit asam amino dalam rantai polipeptida= residu Konsensus : ujung amino = residu asam amino awal ujung karboksil = residu asam amino akhir

Ikatan peptida berkarakter parsial ganda akibat adanya delokalisasi elektron dari oksigen gugus COO- ke ikatan C-N Gugus amidanya planar, dan berada dalam konfigurasi Trans. Rotasi hanya dapat terjadi pada dua ikatan yang dekat C di setiap residu asam amino.

Empat tingkat organisasi struktur dalam protein

Empat tingkat organisasi dalam protein Struktur primer: menunjukkan jumlah, jenis dan urutan asam amino dalam protein Struktur sekunder: terjadi akibat pembentukan ikatan H antara gugus karboksil dan gugus amino pada residu asam amino tertentu, dan pembatasan rotasi bidang peptida di sekitar atom C menunjukkan pembentukan konformasi khas dalam rantai polipeptida molekul protein, meliputi: - heliks, -turn -sheet, random coil

-Heliks  -Sheet

 Sheet antiparalel

 Sheet paralel

Struktur tersier: Menunjukkan pembentukan lipatan (folding polypeptide), yang disebabkan oleh adanya interaksi antar gugus pada R. Jenis interaksi tersebut meliputi: ikatan H, ikatan elektrostatik, interaksi hidrofobik antar rantai samping non polar, interaksi dipol-dipol, dan pembentukan ikatan disulfida (ikatan kovalen). Struktur kuartener: Menunjukkan penggabungan 1 rantai polipeptida / subunit penyusun protein. Contoh protein yang memiliki beberapa rantai polipeptida adalah Hemoglobin.