ANALISA SIKUEN GEN CP POTYVIRUS [HOMOLOGI DENGAN SIKUEN CP VIRUS LAIN] Isolat Virus Homologi (%) 1 2 3 4 5 6 7 8 PStV.Indo1 PStV.India 93,5 TeMV.Hanoi 75,9 74,5 Pangda12-1 76,8 88.7 Pangda15-1 77,1 76,2 89,0 99,0 Pasaman 72,6 69,8 85,6 85,1 84,9 Garut 74,3 73,6 90,8 87,1 87,4 86,9 Ciamis 90,3 87,6 97,7 PatMMV.R2 37,3 37,5 36,6 38,2 37,9
ANALISA SIKUEN GEN CP POTYVIRUS [HUBUNGAN KEKERABATAN DENGAN VIRUS LAIN] Potyvirus Fabavirus Filogenetika kekerabatan 3 isolat asal nilam Indonesia (Pasaman, Garut, Ciamis) terhadap isolat dari Gene Bank. Pangda12-1 isolat Thailand=Passionfruit woodiness potyvirus Pangda12 (inang purple passionfruit), Pangda15-1 isolat Thailand=Passionfruit woodiness potyvirus Pangda15 (inang purple passionfruit), TeMV.Hanoi=Telosma mosaic virus isolat Hanoi (inang Telosma cordata), PStV.Indo1=Peanut stripe virus isolat Indonesia (inang Pogostemon cablin (Hartono,2008)), PStV.India=Peanut stripe virus isolat India (inang Pogostemon cablin) dan PatMMV.R2=Patchouli mild mosaic virus.RNA2 isolat Jepang (inang Pogostemon cablin) menggunakan Program Mega 4.1 Beta.
KLONING GEN CP POTYVIRUS [KE DALAM PLASMID pJET1.2] Plasmid rekombinan pJET1.2-JPG12 yang mengandung gen CP Potyvirus [800 bp]; marker adalah 1kb DNA Ladder
VERIFIKASI INSERSI GEN CP POTYVIRUS PADA PLASMID pJET1.2 MELALUI PCR Produk PCR sesuai dengan ukuran gen CP yang disisipkan menandakan gen CP Potyvirus berhasil dikloning
PENYISIPAN GEN CP POTYVIRUS PADA VEKTOR EKSPRESI pCAMBIA1301 Produk PCR sesuai dengan ukuran gen CP yang disisipkan menandakan gen CP Potyvirus berhasil dikloning