Penggolongan dan Sejarah MIKROBIOLOGI

Sejarah Mikrobiologi Pada tanggal 9 Juni 1675, Leeuwenhoek menulis dalam buku hariannya, “Mengumpulkan air hujan dalam cawan”, dan pada tanggal 10 Juni ia melanjutkan, “Sambil mengamati air tersebut aku berkhayal bahwa aku menemukan makhluk-makhluk hidup, tetapi karena amat sedikit serta tidak terdapat dengan mudah, maka aku menganggapnya tidak benar”. Maka keesokan harinya ia pun kembali kepada pengamatannya dan mencatat : “Tak ada pikiran padaku bahwa akan tampak makhluk hidup, tetapi setelah kuamati maka dengan penuh kagum aku melihat seribu makhluk hidup dalam setetes air.”

Secarik surat bertanggal 17 September 1683 berisi gambar-gambarnya yang pertama tentang bakteri. Leeuwenhoek mengamati makhluk hidup ini dalam suspensi tartar yang dikoreknya dari sela-sela giginya. Ia membuat sketsa sel bakteri dengan bentuk seperti bola (kini disebut kokus), silindris atau bentuk batang (basilus), atau spiraal (spirilum). Meskipun sejak masa Leeuwenhoek telah terjadi banyak perubahan dalam mikrokop, kita masih mengenali ketiga bentuk umum yang sama pada bakteri.

Generasi spontan atau abiogenesis (abio=tidak hidup; genesis=asal) Generasi spontan atau abiogenesis (abio=tidak hidup; genesis=asal). Vs Biogenesis

Franz Schulze (1815-1873) dan Theodor Schwann (1810-1882)  Asam Pekat dan Panas Schroer dan Van Dusch  tabung dengan Kapas John Tyndall  kotak bebas debu

Bersamaan waktunya dengan Pasteur, seorang dokter Jerman Robert Koch mengadakan penelitian terhadap mikroba anthrax yang menyerang ternak. Dalam penelitiannya ini ia berhasil mengasingkan bakteri anthrax dalam bentuk biakan murni (pure culture) dengan mempergunakan perbenihan mikroba (medium), dan membuktikan bahwa mikroba yang diasingkan ini mampu menimbulkan penyakit yang sama bila dimasukkan ke dalam tubuh binatang percobaan yang peka.

Berdasarkan penemuan ini Koch memformulasikan kriteria mengenai mikroorganisme pembawa penyakit yang kita kenal dengan Postulat Koch, yaitu : Mikroorganisme tertentu selalu dapat dijumpai berasosiasi dengan penyakit tertentu. Mikroorganisme itu dapat diisolasi dan ditumbuhkan menjadi biakan murni di laboratorium. Biakan murni mikroorganisme tersebut akan menimbulkan penyakit itu bila disuntikkan pada hewan yang rentan (suseptibel). Penggunaan prosedur laboratorium memungkinkan diperolehnya kembali mikroorganisme yang disuntikkan itu dari hewan yang dengan sengaja diinfeksi dalam percobaan.

Definisi Mikrobiologi => ilmu yang mempelajari tentang makhluk hidup yang sangat kecil yang tidak dapat dilihat secara jelas dengan mata telanjang. Mikroorganisme = mikroba = jasad`renik Massa mikroorganisme di bumi melebihi massa semua organisme lain. Mikroorganisme terdapat paling banyak di tempat-tempat yang mengandung nutrien, kelembaban, dan suhu yang sesuai untuk pertumbuhan dan perkembangbiakannya.

Dunia mikroorganisme terdiri dari lima kelompok organisme : Bakteri, Protozoa, Virus, Algae, dan Fungi Mikrokopis (Kapang dan khamir). Mikrobiologi meliputi berbagai disiplin ilmu, diantaranya yaitu : Bakteriologi Imunologi Virologi Mikologi Parasitologi

Awalnya organisme dibedakan dalam dua dunia, yaitu Dunia Hewan dan Dunia Tumbuhan. Sejalan berkembangnya ilmu, ditemukan organisme dengan ciri-ciri yang berbeda dengan hewan dan tumbuhan (mikroorganisme)  diusulkan sistem klasifikasi baru untuk mikroorganisme. E.H.Haeckel seorang zoologiwan Jerman tahun 1866 mengusulkan adanya dunia ketiga yang meliputi mikroorganisme yang disebut Protista (kehidupan pertama). Dunia ketiga ini mencakup bakteri, algae, cendawan, protozoa tetapi tidak virus.

Protista ini dibedakan : Protista tingkat rendah (bakteri dan algae biru-hijau) Protista tingkat tinggi (algae selain algae biru-hijau, cendawan dan protozoa) R.H.Whittaker tahun 1969 membagi lima dunia : Monera Protista Plantae Fungi Animalia

Mikroorganisme terdapat pada tiga diantara lima dunia tersebut, yaitu Dunia Monera yang menghimpun bakteri termasuk sianobakteri (algae biru-hijau) ; Dunia Protista yang melingkup algae selain hijau- biru dan protozoa; Dunia Fungi yang meliputi kapang dan khamir. Bergey’s manual of Determinative Bacteriology merupakan acuan baku untuk taksonomi bakteri, mengakui dunia monera yang diajukan Whittaker, tetapi menamakannya dunia Prokariota, karena semua sel monera adalah sel prokariot. Sejak 1923 sudah diterbitkan beberapa edisi manual ini, judul dari manual terbaru dirubah menjadi Bergey’s Manual Of Systimatic Bacteriology.

Tingkatan taksonomi (dari bawah ke atas) adalah: spesies, genus, famili, ordo, klas, dan kerajaan (kingdom); Namun, ahli mikrobiologi seringkali menggunakan nama seksi (suatu pengelompokan yang kurang formal) yang bersifat deskriptif untuk kelompok-kelompok organisme tertentu, seperti metanogen, purple bacteria, bakteri asam laktat, dan lain-lain.

Strain atau galur adalah biakan murni bakteri dari kelompok bakteri yang merupakan keturunan bakteri dari satu isolat. Spesies bakteri mengandung strain-strain mikroorganise yang sifat-sifatnya secara garis besar sama tetapi memiliki beberapa perbedaan. Contoh : Staphylococcus aureus strain Oxford. Galur dianggap berasal dari organisme tunggal atau isolat kultur tunggal. Galur dibedakan menjadi : a. Biovar – berbeda secara biokimiawi atau fisiologis b. Morfovar – berbeda secara morfologi c. Serovar – berbeda sifat antigenik

Pada rasio % mol G + C, jika dua strain berbeda 10% atau lebih, maka kedua strain tersebut tidak memiliki kemiripan (Krieg, 1984 ; Sneath, 1986 ; Holt et.al, 1994). Pada kajian hibridisasi, dua strain dinyatakan mirip jika DNA kedua strain mempunyai 90% atau lebih homolog. Pada sekuensi basa nukleotida, sekuens 16SrRNA di antara strain diperbandingkan (Ray, 2004).

Nomenklatur : Penamaan satuan-satuan yang dicirikan dan dibatasi oleh klasifikasi. Seperti halnya tanaman, bakteri, khamir dan kapang juga menggunakan dua nama, yaitu nama biomial. Nama bakteri, khamir dan kapang selalu terdiri dari nama genus dan epitheton specificum. Nama genus dimulai dengan huruf besar dan epitheton specificum ditulis dengan huruf kecil. Kedua nama ini kemudian digaris bawah atau dicetak miring. Contoh : Staphylococcus aureus.

Beberapa nama hanyalah merupakan penanda dan tidak mempunyai arti tertentu namun sebagian mempunyai arti tertentu, Contohnya : Bacillus : Berbentuk batang Micrococcus : Berbentuk butiran kecil Erwinia : dari nama Erwin Salmonella : dari nama Salmon Salmonella typhi : merupakan penyebab tifoid Brucella : dari nama Bruce Brucella abortus : penyebab abortus pada ternak

Setiap spesies hanya memiliki satu nama, tujuan untuk mencegah kerancuan dalam memberi nama. Spesies bakteri dapat ditentukan oleh : Sifat-sifat struktural yang terdiri dari bentuk, besar, cara pergerakan, reaksi terhadap pewarnaan gram, serta pertumbuhan makroskopik (sifat-sifat koloni). Sifat-sifat biokimia dan kebutuhan akan nutrisi, produk-produk akhir metabolisme, susunan biokimiawi komponen sel dan metabolit-metabolitnya. Sifat-sifat fisiologisnya terhadap oksigen, temperatur, pH dan respons terhadap zat-zat antibakteri. Sifat ekologi. Komposisi basa DNA, homologi dan sifat-sifat genetik.

Prinsip-prinsip Nomenklatur : Setiap macam organisme yang nyata disebut sebagai spesies. Spesies ditandai dengan kombinasi biner Latin, maksudnya untuk memberinya label yang seragam dan dipahami secara internasional. Nomenklatur organisme diatur oleh organisasi pengawas interasional yang sesuai, dalam hal bakteri yaitu :”The International Association of Microbiological Societies.” Hukum prioritas menjamin penggunaan nama sah tertua yang tersedia bagi suatu organisme. Hal ini berarti bahwa nama yang pertama-tama diberikan kepada mikroorganisme itulah nama yang benar, asalkan mengikuti prosedur yang semestinya. Penunjukan kategori diperlukan untuk klasifikasi organisme. Kriteria ditetapkan untuk pembentukan dan publikasi nama-nama yang baru.

Penulisan nama spesies yg sama lebih dari 1 kali dalam satu artikel, digunakan aturan penulisan nama genus dan spesies untuk tulisan pertama dan menuliskan huruf pertama genus yang diikuti nama spesies untuk tulisan selanjutnya, seperti yg ditulis dalam buku Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, yaitu Listeria monocytogenes untuk tulisan pertama dan penulisan selanjutnya L.monocytogenes. Sistem penulisan nama bakteri yg berbeda digunakan pada beberapa jurnal ilmiah di Eropa, yaitu Lact. Lactis, Lc lactis, Leu.lactis, Lb.lactis, List.monocytogenes.

Tata penamaan virus berbeda dengan tata penamaan bakteri Tata penamaan virus berbeda dengan tata penamaan bakteri. Penamaan virus menggunakan alfabetik, numerik, atau kombinasi keduanya. Contoh T4 atau I bacteriophages, jenis penyakit yg dihasilkan oleh virus tersebut misalnya virus hepatitis A penyebab inflamasi hati, atau metode lain misalnya Norwalk-like viruses, yaitu tipe penyebab penyakit bawaan gastroenteritis pada manusia.

https://image. slidesharecdn https://image.slidesharecdn.com/identificationofbacterialpathogens-111126232752-phpapp01/95/identification-of-bacterial-pathogens-4-728.jpg?cb=1322351153